В ходе работы Собора был рассмотрен и утверждён проект «Положения о ВВЦУ ЮВР», принято решение о преобразовании бывшего Приазовского викариатства Екатеринославской епархии в Ростовскую и Таганрогскую епархию, Кубанского викариатства Ставропольской епархии и Сухумского викариатства Черноморской епархии в самостоятельные епархии, ввиду того что соответствующие викарии давно управляли своими викариатствами самостоятельно при участии епархиальных советов. Обсуждались также вопросы о приходах (способы оживления и организации церковноприходской жизни), о духовных учебных заведениях, о церковной дисциплине и др. (в частности, предсоборная комиссия предлагала к рассмотрению вопросы об отношении большевиков к церкви, о положении священников-беженцев и привлечении их к пастырским трудам и др.). Собор наделил ВВЦУ ЮВР всей полнотой церковной власти (кроме награждения архиереев) впредь до восстановления связи с патриархом Тихоном, когда ВВЦУ ЮВР должно было немедленно сложить свои полномочия и самораспуститься. Власть ВВЦУ ЮВР распространялась «на все области России по мере освобождения их Вооружёнными Силами Юга России». Председатель имел право опротестовать любое решение ВВЦУ ЮВР, если считал его не отвечающим благу церкви. В таком случае дело должно было быть отложено до рассмотрения его патриархом или поместным Собором. Собор указал, что «местопребывание ВВЦУ ЮВР определяется самим ВВЦУ ЮВР по согласованию с Главнокомандующим». Председателем ВВЦУ ЮВР был избран архиепископ Донской и Новочеркасский Митрофан (Симашкевич), архиепископ Таврический и Симферопольский Димитрий (Абашидзе) стал товарищем председателя, членами – епископ Ростовский и Таганрогский Арсений (Смоленец), протоиерей А. Рождественский, протопресвитер Г. Шавельский, профессор П.В. Верховской, граф В.В. Мусин-Пушкин. Утверждая состав ВВЦУ ЮВР из трёх архиереев и четырёх представителей от духовенства и мирян (по два человека), Собор ориентировался на Высшее Временное Церковное Управление Сибири, об организации которого члены Собора знали из газетных публикаций. Кроме того, были избраны кандидатами: епископы Челябинский и Троицкий Гавриил (Чепур), Владикавказский и Моздокский Макарий (Павлов), Александровский викарий Ставропольской епархии Михаил (Космодемянский), протоиереи Владимир Алексеевич Лаванов и Г.П. Ломако, граф Пётр Николаевич Апраксин и профессор Н.М. Абрамов. Официальное открытие ВВЦУ ЮВР состоялось 5 июня 1919 г. в войсковом соборе Екатеринодара после торжественного богослужения. Первыми распоряжениями новоучреждённого органа стали акты об открытии и о начале деятельности ВВЦУ ЮВР и об установлении молитвенного поминовения адмирала Александра Васильевича Колчака на великом входе, на великой и сугубой ектениях и в многолетии (30 мая 1919 г. А.И. Деникин признал адмирала А.В. Колчака Верховным Правителем России). С течением времени состав ВВЦУ ЮВР изменялся. В конце августа из галицийского плена вернулся митрополит Киевский Антоний (Храповицкий), его избрали почётным председателем ВВЦУ. По мере необходимости члены Управления собирались на сессии, длившиеся от двух до пяти дней, всего состоялось 25 сессий.