От Бийского епископа Никиты (Прибыткова) он получил документы, пересланные из Москвы, из которых становилось ясно, что летом 1927 г. высшая церковная власть организационно укрепилась – при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя митрополите Сергии (Страгородском) был создан Временный Патриарший Священный Синод, и каноническое священноначалие вело борьбу с ВВЦС. Владимир признал полномочия по управлению церковью митрополита Сергия и Временного при нём Патриаршего Синода и стремился убедить свою паству в правильности этого решения. Члены епархиального совета, желая избавиться от епископа, боровшегося против ВВЦС, предоставили ему отпуск с выездом в другую епархию. Владимир сначала согласился и избрал местом «отпуска» село Солдатово Усть-Пристанского района Бийского округа, но через некоторое время объявил, что никуда из епархии не уедет. Ареста он не боялся, был уверен в поддержке паствы, поскольку на кафедру его избрал епархиальный съезд. 5 августа 1927 г. Владимир был арестован в Барнауле, обвинён в «антисоветской агитации». В конце августа дело было передано на рассмотрение в полномочное представительство ОГПУ по Сибкраю. По постановлению особого совещания при Коллегии ОГПУ от 23 сентября 1927 г. был признан виновным в том, что, «будучи епископом Барнаульской епархии, в целях укрепления своего течения, т.н. сергиевского, и дискредитации противников, придерживающихся ВВЦС, вёл антисоветскую агитацию, распространяя провокационные слухи о том, что ВВЦС поддерживается властью». Владимир был приговорён к трём годам ссылки, которую отбывал в Горно-Шорском районе Кузнецкого округа Новосибирской области и в Кузбассе. После окончания срока ссылки постановлением особого совещания при Коллегии ОГПУ от 23 мая 1930 г. был лишён права проживать в Московской, Ленинградской областях, Харьковском, Киевском, Одесском, Барнаульском округах, Северо-Кавказском крае, Дагестане с прикреплением к определённому месту жительства на три года. 13 декабря 1930 г. Владимир уехал из Сибири в Суздаль, освобождён от административной ссылки 23 сентября 1933 г. 28 ноября 1933 г. Владимир был назначен епископом Сергачским, викарием Горьковской епархии. 22 ноября следующего года переведён на Чебоксарско-Чувашскую кафедру, управляя которой, стремился упрочить положение церкви. Обладая даром слова, много проповедовал, рукополагал священнослужителей. В 1935 и 1936 гг. ездил в Москву, где встречался с митрополитом Сергием и управляющим делами Московской патриархии протоиереем А. Лебедевым. Митрополит Сергий особо выделял Владимира и всегда радушно его принимал. 21 декабря 1937 г. Владимир был вновь арестован, заключён в тюрьму города Алатыря, обвинён в активном участии в «контрреволюционной группе церковников», ведении «антисоветской агитации». Во время заседания суда заявил, что виновным себя не признаёт, а признательные показания на допросах во время следствия дал, т.к. был «в болезненном состоянии». Специальная коллегия Верховного суда Чувашской АССР 8–11 июня 1938 г. приговорила Владимира к десяти годам тюремного заключения. Дальнейшая его судьба неизвестна.