Тем же указом временное управление поручалось Владимиру, однако он отказался принять это назначение, направив митрополиту Сергию заявление, в котором назвал увольнение митрополита Евлогия несправедливым. В 1931 г. Владимир вместе с митрополитом Евлогием перешёл в юрисдикцию Константинопольского патриархата и вошёл в состав образованного Константинопольским патриархом Фотием II (1929–1935 гг.) Западноевропейского экзархата. В связи с невозможностью для митрополита Евлогия осуществлять руководство экзархатом из-за немецкой оккупации Парижа Владимиру 26 октября 1940 г. было поручено временное управление на правах епархиального архиерея приходами во Франции, Италии, Швейцарии, Марокко и в Алжире. После нападения фашистской Германии на СССР, 6 июля 1941 г. Владимир обратился к прихожанам с призывом молиться о спасении России, во время войны окормлял и оказывал посильную помощь советским военнопленным и депортированным в Германию гражданам СССР. На протяжении 1945 г. в связи с ухудшением здоровья митрополита Евлогия Владимир неоднократно исполнял обязанности управляющего Западноевропейским экзархатом. В августе 1945 г. участвовал во встречах с делегацией РПЦ во главе с Крутицким митрополитом Николаем (Ярушевичем), прибывшей для переговоров о возвращении экзархата в юрисдикцию РПЦ. По итогам переговоров 2 сентября 1945 г. во время литургии в соборе Александра Невского в Париже митрополитом Николаем были приняты в общение с РПЦ митрополит Евлогий и его викарии (в том числе Владимир) и митрополит Серафим (Лукьянов), возглавлявший западноевропейские приходы РПЦЗ. Решением Священного Синода РПЦ от 7 сентября того же года было подтверждено воссоединение митрополита Евлогия и его викариев с сохранением Западноевропейского экзархата в Московский патриархат. В телеграмме 4 ноября 1945 г. патриарх Алексий I (Симанский) сообщил Константинопольскому патриарху Вениамину I (1935–1946 гг.) о принятии митрополита Евлогия, клириков и мирян экзархата в Русскую церковь и просил благословения для митрополита Евлогия. В феврале 1946 г. со стороны патриарха Вениамина I митрополиту Евлогию поступило распоряжение о возношении его имени за богослужениями вплоть до окончательного решения вопроса об экзархате, при этом одновременное поминовение Константинопольского и Московского патриархов создавало неясность в вопросе о канонической принадлежности русских западноевропейских приходов. Согласно завещанию митрополита Евлогия (ум. 8 августа 1946 г.), после его кончины Владимир вступил в управление Западноевропейским экзархатом. В то же время 9 августа 1946 г. Священный Синод РПЦ в своём решении подтвердил фактическое и формальное прекращение временной юрисдикции Константинопольского патриархата над русскими западноевропейскими приходами и назначил митрополита Серафима (Лукьянова) экзархом Западноевропейского экзархата Московского патриархата. По поручению патриарха Алексия I 10 августа в Париж на погребение митрополита Евлогия и для нормализации дел в экзархате прибыл Ленинградский и Новгородский митрополит Григорий (Чуков), передавший Владимиру указ Священного Синода РПЦ от 9 августа 1946 г. Однако Владимир отказался принять указ к исполнению и особым циркуляром обязал клириков экзархата не подчиняться распоряжениям митрополита Серафима.