Управление церковными делами в Великой Моравии перешло к епископу Вихингу. Исследователи полагают, что после его бегства из Великой Моравии в 893 г. сторонники богослужения на славянском языке смогли возобновить свою деятельность. Князь Моймир II прилагал усилия для восстановления особой церковной организации в Великой Моравии. В 899 г. с этой целью папа Иоанн IX (898–900 гг.) направил в Великую Моравию своих легатов во главе с архиепископом Иоанном, что вызвало протест баварских епископов, доказывавших исторические права епископства Пассау на Великую Моравию. Судьба христианства и христианского духовенства в Великой Моравии после вторжения венгров остаётся для исследователей неясной. В 976 г. среди суффраганов Майнцского архиепископа упоминается епископ Моравский, но связь этого епископства с более ранней историей христианства в Моравии им также неясна. Изучение церковных древностей Великой Моравии началось в середине ХХ в. с исследования крупных городищ, центров государства, прежде всего, в Микульчице (Й. Поулик), Старе-Место (В. Грубы), Бржецлаве (Б. Достал) и др. При раскопках были открыты остатки церковных зданий и некрополи (равно как и захоронения внутри церквей), содержащие многочисленный погребальный инвентарь. В могилах, которые иногда содержат остатки гробов, производились погребения головой на запад. Наличие в наиболее богатых погребальных комплексах инвентаря, в том числе каролингских мечей, боевых топоров, шпор и вёдер свидетельствует не столько о «языческих» пережитках в обрядности, сколько о влиянии франкской дружинной культуры на культуру господствовавшего класса Великой Моравии. Было обнаружено в часовне, к северу от храма, в урочище Сади, погребение мужчины, облачённого в одеяние с характерными круглыми золотыми пуговицами; могила была перекрыта каменной кладкой с раствором. В этом погребении, считают некоторые исследователи (В. Грубы, Л. Галушка), был захоронен великоморавский князь Святополк. Углубление в апсиде того же храма интерпретируется как погребальная ниша, где могли покоиться останки Мефодия. Эти атрибуции основываются на гипотезе, по которой именно Старе-Место было столицей Великой Моравии или резиденцией архиепископа. По другим гипотезам, столица располагалась в Микульчице – там возле апсиды крупнейшей в Великой Моравии трёхнефной базилики был обнаружен золочёный наконечник пояса с княжеским изображением, приписываемый Моймиру I. Воздействие культуры авар, предшествующей сложению Великоморавской державы, а также современной ей культур империи Каролингов и Византии привело к сочетанию традиций в культовой пластике. Наряду с византийскими энколпионами, литыми крестами с так называемыми грубыми изображениями распятия (Микульчице), литым оловянным крестом с греческой надписью из Старе-Место, капторгами (коробочками для реликвий и амулетов из Стара-Коуржима, Дольни-Вестонице, Микульчице) были найдены предметы поясной гарнитуры, несущие христианские изображения, например, священника с наперсным крестом, наряду с предполагаемыми языческими персонажами в позе «орантов», также отмечены мотивы райских птиц у древа жизни и т.п. на наконечниках ремней (Микульчице).