2–3 июня того же года Василий принял участие в совещании епископов, проведённом по инициативе В.В. Зеньковского, на котором высказался против созыва новой сессии Всеукраинского Собора, однако по настоянию гетмана П.П. Скоропадского летом 1918 г. Собор продолжил свою деятельность. Василий принял участие в его работе. Министерство исповеданий Украины представило на Соборе свой проект реформы системы религиозного образования, вызвавший резкое неприятие большинства участников заседания. Учебная комиссия во главе с Василием пыталась занять компромиссную позицию и переработать проект Министерства исповеданий. В частности, комиссия предложила предоставить женским епархиальным училищам права средних духовных школ по образцу светских женских гимназий, переименовать их в епархиальные женские гимназии, а также изъять церковноприходские школы вместе с имуществом из ведения Министерства просвещения в совместное ведение церкви и Министерства исповеданий. На 14-м пленарном заседании второй сессии Собора 10 июля 1918 г. Учебная комиссия представила два доклада о реформе духовных школ, направленной на повышение их общеобразовательного уровня до уровня государственных средних школ, на сохранение специфики церковных учебных заведений: объёма преподаваемых богословских дисциплин и религиозного характера воспитания учащихся. Однако эти предложения не встретили поддержки митрополита Антония и большинства членов Собора, которые настаивали на сохранении прежнего характера духовного образования. Василий высказывал опасение, что если реформа не будет принята, то духовные школы Украины лишатся поддержки властей, и это пагубно отразится на их дальнейшей деятельности. Проблема финансирования деятельности Киевской духовной академии и других духовных школ заставляла его ориентироваться на Министерство исповеданий, что послужило причиной осложнения отношений с митрополитом Антонием. По предложению митрополита Антония Собор большинством голосов высказался за сохранение старой структуры духовных школ и принял решение отложить обсуждение проекта реформы до следующей сессии, определив, что реформа должна идти не в светском направлении, а в сторону усиления церковно-пастырского характера. Собор обратился с ходатайством к гетманскому правительству о материальной поддержке преподавателей духовных школ и выравнивании оплаты их труда в соответствии с оплатой служащих Министерства образования. 16 августа 1918 г., несмотря на протесты митрополита Антония, гетман П.П. Скоропадский подписал новый так называемый Временный устав Киевской духовной академии, который предусматривал её автономию (свободные выборы ректора, профессоров и преподавателей), а также административную зависимость от Министерства исповеданий. По новому уставу в Киевской духовной академии были введены обязательные курсы украинского языка, украинской литературы, права, истории Украины и Украинской церкви, предполагалось открытие новых кафедр, однако из-за отсутствия средств эти нововведения не были осуществлены полностью.