Несмотря на изменения в духе революционного времени, происходившие в Киевской духовной академии в то время (разрешение преподавания ряда предметов и написания диссертаций на украинском языке, обсуждение проекта открытия богословских курсов для женщин), возглавляемая им академия ориентировалась в своей деятельности на политику Временного правительства России и демонстрировала неприятие украинизаторских проектов Центральной рады и её сепаратистского курса. Из-за тяжёлого материального положения было прекращено издание «Трудов Киевской Духовной Академии», в сентябре 1917 г. вышел последний выпуск, где были опубликованы статья Василия «Неповреждённость четвёртого Евангелия» и его перевод с латыни творения Августина Блаженного «Две книги Евангельских вопросов». После Октябрьской революции 1917 г. Киевская духовная академия была вынуждена искать компромисс с Центральной радой. Василий обратился в Генеральный секретариат Украины с просьбой о государственном финансировании академии. В это время был принят ряд мер по украинизации Киевской духовной академии. Василий просил Синод Русской православной церкви дать благословение на открытие трёх новых кафедр: истории Украины, украинского языка и украинской литературы, планировалось также открыть кафедру западнорусского права. В проекте нового устава академии, который был представлен Совету 14 января 1918 г., содержался пункт, предусматривавший разработку и последующее использование в учебном процессе украинской богословской терминологии. Ряд профессоров, не согласных с курсом на украинизацию духовных школ, вышли из преподавательской корпорации Киевской духовной академии. Во время ожесточённых военных действий в районе Киева в январе 1918 г. занятия в академии не проводились, они возобновились после установления на Украине режима гетмана Павла Петровича Скоропадского. В 1918 г. из-за переживаемых лишений Василий болел, но продолжал руководить академией. Он отказался от предложения националистически настроенной так называемой Всеукраинской православной церковной рады возглавить Киевскую митрополию вместо законного митрополита Киевского и Галицкого Владимира (Богоявленского). Василий не участвовал в работе Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., но принял участие во Всеукраинском церковном Соборе, который открылся в январе 1918 г. в Киеве, возглавил сформированную Собором Учебную комиссию. Ввиду наступления большевиков на Киев Собор вскоре после открытия был вынужден прекратить заседания. 29 января 1918 г. Василий участвовал в отпевании в Софийском соборе Киева убиенного митрополита Владимира. 22 февраля того же года Патриарх Московский и всея России Тихон принял решение о назначении Василия управляющим делами Киевской митрополии, но тот отказался принять назначение. В мае вместе с другими архиереями не поддержал предложение министра исповеданий гетманского правительства Василия Васильевича Зеньковского отложить выборы Киевского митрополита до Всеукраинского церковного Собора. 19 мая 1918 г. на Киевскую кафедру был избран Харьковский митрополит Антоний (Храповицкий).