Опасаясь, что о содержании его лекций узнают власти, А.В. Ведерников имел единственный экземпляр курса (хранится в семейном архиве) и запрещал студентам вести записи. Несмотря на эти меры, в 1948 г. его внезапно уволили из Московской духовной академии, история русской религиозной мысли была исключена из учебной программы. Вскоре митрополит Николай пригласил А.В. Ведерникова на работу в Издательский отдел Московской патриархии. Он стал ближайшим помощником главы Издательского отдела, активно работал в редакции «Журнала Московской Патриархии», первоначально занимал должность заведующего отделом «В защиту мира». В конце 1953 г. представил патриарху Алексию I докладную записку о реорганизации «Журнала Московской Патриархии», после чего был назначен ответственным секретарём журнала. За время работы в журнале А.В. Ведерников напечатал около 150 статей и заметок, в том числе под псевдонимами (А. Васильев, А. Столяров, А. Крашенинников). Тематика его статей в «Журнале Московской Патриархии» разнообразна: хроника текущих событий в Русской православной церкви и других поместных церквах, миротворческая и экуменическая деятельность Русской православной церкви, русская агиография, церковная история, статьи, посвящённые современным церковным деятелям и др. А.В. Ведерников оказал значительное влияние на возрождение и развитие церковной журналистики и издательского дела в Русской православной церкви. Сразу после окончания войны составил «Отчёт в Государственную чрезвычайную комиссию о количестве и качестве ущерба, причинённого фашистами Русской православной церкви в минувшей войне 1941–1945 гг.». В сборнике «Патриарх Сергий и его духовное наследие» А.В. Ведерников опубликовал исследование «Русская Православная Церковь после кончины Святейшего Патриарха Сергия» (М., 1947 г.). К 40-летию восстановления патриаршества подготовил издание «Русская Православная Церковь: Устройство, положение, деятельность» (М., 1958 г.), посвящённое характеристике Русской православной церкви в послевоенный период. Участвовал в подготовке издания Библии в новой орфографии (М., 1959 г.), в выпуске сборника «Богословские труды» (первый номер увидел свет в 1960 г.). В ноябре 1962 г. А.В. Ведерников вышел на пенсию, до конца 1980 гг. работал референтом Таллинского и Эстонского митрополита Алексия (Ридигера, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси), продолжал публиковать статьи в «Журнале Московской Патриархии». Похоронен на кладбище в Переделкине Московской области.