13 июня 1732 г. ему предписывалось «при отправлении божественной службы, для подания осеняльных свечь и послужения, иметь при себе из мирских персон в стихарях, колико пристойно, которых и посвятить ему в чтецы и певцы самому, другим архимандритам не в пример». После кончины в 1733 г. царевны Екатерины Иоанновны императрица подарила Варлааму принадлежавшую ей мызу на Петергофской дороге. В 1735 г. Варлаам устроил там церковь и Троице-Сергиеву пустынь, которая стала его любимым местом пребывания. На родине в селе Домодедове Варлаам построил церковь из белого камня. По отзывам современников, он отличался благочестием и аскетическим образом жизни, в проекте «восстановления благочестия» директора первой петербургской типографии, атора многих проектов реформ Михаила Петровича Аврамова ему предназначался сан патриарха. Варлаам послужил и предметом едкой сатиры князя Антиоха Дмитриевича Кантемира, который обвинял архимандрита в лицемерии и ханжестве. Не одобряя деятельности архиепископа Феофана (Прокоповича), Варлаам не решался открыто выступить против него. В 1730 г., накануне коронации Анны Иоанновны, находившийся под караулом архимандрит Маркелл (Радышевский) по его совету написал прошение на Высочайшее имя, в котором обличал неправославие Феофана (Прокоповича). Также под влиянием Варлаама архимандрит Маркелл написал «Возражения на “Объявление о монашестве”, на “Регламент Духовный” и на “Книгу о блаженствах”» с жёсткой критикой этих сочинений. В дальнейшем кельи Варлаама стали местом совещаний противников Феофана, среди которых наиболее активными были архимандрит Маркелл, келейник Варлаама иеродиакон Иона и М.П. Аврамов. Когда факт распространения Ионой анти-феофановского пасквиля, написанного архимандритом Маркеллом, стал предметом расследования, Варлаам представил данное сочинение лично императрице и остался в стороне от этого дела. Покровительство императрицы обеспечило неприкосновенность Варлааму, но он был бессилен защитить своих единомышленников. В 1731 г. жаловался императрице, что из Троице-Сергиева монастыря в Тайную канцелярию забраны люди на 50 подводах. Архиепископ Феофилакт (Лопатинский), искавший помощи духовника императрицы для издания «Апокризиса, или Возражения на письмо Буддея», был, по сути, выдан им Тайной канцелярии. Впоследствии имя Варлаама фигурировало во всех делах, связанных с обвинениями в адрес архиепископа Феофана (дело монахов Берлюковской и Саровской пустыней, дело Георгия Зворыкина); 12 сентября 1736 г. Варлаам участвовал в погребении архиепископа Феофана (Прокоповича). Он является автором рукописного «Слова» на «преложение» мощей Даниила Переяславского, произнесённого 16 октября 1716 г., тропаря и кондака Корнилию Переяславскому. Похоронен в санкт-петербургской Троице-Сергиевой пустыни в особой часовне.