Варлаам принадлежал к группировке противников архиепископа Феофана (Прокоповича), поддержал переиздание «Камня веры» Рязанского митрополита Стефана (Яворского). После удаления с кафедры покровителя Варлаама Новгородского архиепископа Феодосия (Яновского) Киевский архиепископ стал подвергаться нападкам со стороны Феофана (Прокоповича). Преображенская канцелярия в 1727 г. прислала Варлааму запрос относительно присяги, которую, по показаниям архидиаконов киевского архиерейского дома Гавриила Леопольского и Иоасафа Сенюковича, он принёс бывшему Новгородскому архиепископу Феодосию. В 1729 г. участвовал в совещаниях с посланником Сорбонны аббатом Жаком Жюбе, посвящённых соединению православной и католической церквей (обсуждение вопроса было начато в 1717 г. по инициативе французских богословов и по повелению императора Петра I). Тогда же доносил об использовании киевским войтом Дмитрием Прилуцким в ходе земельной тяжбы с архиерейским домом подложных гетманских универсалов и просил Коллегию иностранных дел оградить его от обид со стороны войта. В июле 1730 г. архиепископ Феофан (Прокопович) использовал донос киевских мещан, бурмистра А. Халявки и войта Д. Прилуцкого, о неслужении Варлаамом торжественных молебнов по случаю восшествия на престол Анны Иоанновны для расправы с ним. Варлаам тщетно искал заступничества у самого архиепископа Феофана, канцлера Гавриила Ивановича Головкина и у князей Михаила Михайловича и Дмитрия Михайловича Голицыных. 2 августа 1730 г. он был вызван в Москву, куда прибыл только 22 сентября. Задержка в пути послужила дополнительным пунктом обвинений. Судебное разбирательство завершилось 25 ноября 1730 г. лишением Варлаама архиерейства и священства «через игумена угрешского Аввакума». 6 декабря 1730 г. он был принят «на неисходное жительство» в Кириллов Белозерский монастырь. 8 июня 1733 г. через своего племянника Стефана Вонатовича просил о назначении ему жалованья и о разрешении жить в его келье племяннику. 20 июня того же года Синод удовлетворил обе просьбы, назначив содержание Варлааму «против трёх монахов». В апреле 1737 г. Синод разрешил выдавать ему по 20 руб. в год из сумм, полученных от продажи отобранного у него имущества. По указу, изданному в октябре 1740 г., Варлаам был восстановлен в сане; после смерти императрицы Анны Иоанновны, 18 ноября 1740 г., состоялся доклад Синода об отпущении ему вины и поселении его в Москве «для отправления архиерейской службы». 22 декабря 1740 г. доклад был утверждён императрицей, и 9 февраля 1741 г. в присутствии Синода на Варлаама была возложена панагия. В марте 1741 г. Санкт-Петербургское духовное правление возвратило ему часть конфискованных денег и вещей. Варлаам от жизни в Москве отказался. 12 августа 1741 г. его местом пребывания был назначен тихвинский Успенский монастырь, где он провёл последние годы жизни и 8 января 1751 г. принял схиму.