Возобновление иноческой жизни в обители относится, по мнению исследователей, к началу XVI в., поскольку в жалованной грамоте великого князя Василия III Ивановича 1512 г. монастырь, утративший именование «Княгинин», назван «новым», в грамоте царя Иоанна Грозного 1557 г. он также именуется «новым», в середине XVII в. обитель утратила это именование. Согласно жалованной грамоте великого князя Василия III 1512 г., подтверждённой грамотой царя Иоанна IV 1540 гг., в обители жили игуменья, 36 монахинь, четыре священника, два диакона, пономарь и просвирница. В конце XVII в. в монастыре помимо игуменьи находились 62 монахини, четыре священника, два диакона. В 1715 г. насельницами Владимирского Княгинина монастыря являлись игуменья, казначея, уставщица, 26 «крылошанок», 88 «стариц». В описи монастыря 1763 г. значатся игуменья, казначея, две соборные монахини, 8 «крылошанок», 21 монахиня и 6 мирянок, готовившиеся к постригу. При монастыре также жили пять священников, два диакона, канонарь, стряпчий, двадцать служителей, а также десять отставных военных на пропитании и три колодницы. В XIII в. обители принадлежал огород, данный «по великой княгине Евдокее да по великой княгине Васце, как они тот Успенский девичий монастырь строили». Основные земельные владения Владимирского Княгинина монастыря были получены по жалованным грамотам великих князей и царей в XVI – первой половины XVII в. К 1678 г. монастырь владел во Владимирском и Юрьевском уездах 1460 десятинами земли, на которых находился 151 двор (проживал 471 человек мужского пола). По ружным книгам 1675–1699 гг. обители полагалось 87 руб. 11 алтын 2 деньги и «панихидных» 50 руб. 6 денег, 170 четвертей с осминой ржи и 168 четвертей с четвериком овса. К концу XVII в. монастырь был особножительным. Во Владимирский Княгинин монастырь делали вклады патриархи Иосиф (иконы, утварь, книги, «воздвизальный» крест с частицами мощей) и Адриан (книги), цари Алексей Михайлович, Иоанн и Пётр Алексеевичи, значительный вклад в 1692–1693 гг. сделала царица Марфа Матвеевна за упокой души царя Фёдора Алексеевича. В 1764 г. Владимирский Княгинин монастырь был отнесён ко второму классу, в 1900 г., по случаю 700-летия, причислен к первому классу с возвращением именования «Княгинин». В 1916 г. по штату в монастыре полагалось 17 насельниц, жили 37 монахинь, 76 послушниц, 79 белиц. После 1764 г. монастырь владел незначительными земельными угодьями. В XIX – начале XX вв. важной статьёй дохода обители наряду со штатной суммой стали арендные платежи и проценты с ценных бумаг (за 1915 г. поступило дохода штатной суммы 461 руб. 70 коп.), по церковным и неокладным доходам, в том числе процентам с бумаг,  – 11 523 руб. 43 коп. 12 октября 1882 г. в монастыре была установлена общая трапеза, с начала XX в. Владимирская городская дума вносила ежегодно в монастырь 100 руб. на трапезу для бедных сестёр. В августе 1876 г. в монастыре начала работу богадельня-больница на 10 человек, 15 марта 1883 г. – аптека. В январе 1889 г. игуменья Маргарита открыла в обители церковноприходскую школу для беднейших девочек Владимира. Летом 1901 г. при Владимирском Княгинином монастыре было основано общество хоругвеносцев. Монастырский архив, несмотря на многочисленные утраты, сохранился в удовлетворительном состоянии, особенно за XVII–XX вв.