В 1768 г., во время посещения Казани императрицей, испросил значительные средства для обустройства духовной семинарии. В 1771 г. для защиты жителей Казани от эпидемии в город по его распоряжению из Седмиезерской Богородицкой пустыни была принесена чудотворная Смоленская икона Божьей Матери (Казань была спасена от мора). Вениамин активно занимался миссионерской деятельностью среди коренных народов Казанского края, поддерживал открытую епископом Лукой (Конашевичем) Казанскую новокрещенскую школу. При нём делались первые попытки переводов Священного Писания и духовной литературы на татарский, марийский, чувашский языки, приспособления к этим языкам славянского алфавита, производимые силами учащихся Казанской духовной семинарии из инородцев и священников. Рукописи с переводами сгорели в одном из многочисленных пожаров в XIX в. Под руководством Вениамина была написана первая грамматика чувашского языка, вышедшая в свет без указания имени автора, места и года издания (по мнению В.Г. Егорова, грамматика была издана в Синодальной типографии в Москве, однако исследователям представляется более убедительной точка зрения В.Т. Терентьева, полагавшего, что она была опубликована в Санкт-Петербурге по решению Академии наук в 1769 г. в количестве 608 экземпляров). Вениамину приписывается также составление двух грамматик, изданных в Санкт-Петербурге в 1775 г.: первой черемисской (марийской) и вотяцкой (удмуртской). Вениамин был непосредственным участником борьбы с Пугачёвским восстанием 1773–1775 гг. 12 июля 1774 г. Казань была захвачена войсками Емельяна Пугачёва. Во время осады повстанцами кремля Вениамин устраивал крестные ходы в объятой пламенем крепости, служил молебны об избавлении от бунтарей и как очевидец погребения императора Петра III убеждал народ не присягать самозванцу, выпустил большое число разоблачающих самозванца посланий, которые рассылал по храмам епархии с распоряжением читать их с амвона. В послании, написанном в октябре 1773 г. по просьбе императрицы, отлучил от церкви тех, кто не покорился святительскому увещеванию. Вениамин также участвовал в организации казанским дворянством земского ополчения. После освобождения города был оклеветан капралом Ильёй Аристовым, который во время бунта присоединился к Пугачёву. Клеветник утверждал, что Вениамин посылал своего диакона Алексия Ионина с 3 тыс. рублей и обещанием лояльности к главарю восставших. Ионин, тайный сообщник Пугачёва, и купец Огородников подтвердили клевету. 15 октября 1774 г. Вениамин был арестован с запрещением любых объяснений.