4 марта 1924 г. получил назначение на Омскую и Павлодарскую епархию, по-видимому, к месту назначения не поехал, т.к. к июлю того же года Патриарх Московский и всея России Тихон назначил его на Ульяновскую кафедру. С самого начала григорианского раскола Виссарион являлся одним из его активнейших деятелей. Принимал участие в совещании десяти архиереев, состоявшемся 22 декабря 1925 г. в Донской иконы Божьей Матери московском монастыре, вошёл в созданный на совещании ВВЦС под председательством Екатеринбургского архиепископа Григория (Яцковского) совет, зарегистрированный властями 2 января следующего года. 26 января 1926 г. вместе с другими членами ВВЦС был запрещён в священнослужении Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским), запрещению не подчинился. 19 января 1926 г. членам ВВЦС разрешили встретиться с находившимся в тюрьме Местоблюстителем Патриаршего Престола митрополитом Петром (Полянским). Григорий просил митрополита Петра образовать коллегию из членов ВВЦС, признанных советской властью, для управления церковными делами, в состав коллегии должен был войти среди других и Виссарион. Митрополит Пётр «в интересах мира и единения церковного» резолюцией от 1 февраля 1926 г. признал полезным временно «поручить исполнение обязанностей Патриаршего Местоблюстителя коллегии из трёх пастырей» – архиепископы Владимирский Николай (Добронравов), Томский Димитрий (Беликов) и Екатеринбургский Григорий (Яцковский); резолюция Патриаршего Местоблюстителя предписывала Виссариону вернуться в епархию. В 1926 г. в Ульяновске действовали два епархиальных управления: обновленческое и возглавлявшееся Виссарионом. Обновленческий «архиепископ» Иоанн служил в Вознесенском соборе, Виссарион – в Свято-Троицком. В конце июня 1926 г. Виссарион принёс покаяние перед митрополитом Сергием (Страгородским). В ноябре того же года решением Ульяновского губернского административного отдела Ульяновский епархиальный совет, возглавлявшийся Виссарионом, был ликвидирован. В декабре того же года архиерей вернулся в григорианский раскол. 23 марта 1927 г. на епархиальном съезде в Карсуне Виссарион убедил большинство делегатов в каноничности ВВЦС и, апеллируя к назначению его на Ульяновскую кафедру патриархом Тихоном, добился собственного избрания «архиепископом», несмотря на сопротивление православной части съезда. На этом же съезде он предложил просить Ярославского митрополита Агафангела (Преображенского) принять управление церковью. В Ульяновской епархии позиции григорианцев были наиболее сильными.