Около 1878 г. между Варнавой и М. Пивоваровой, проявившей своеволие и непослушание старцу, возник конфликт, который привёл к раздорам. По благословению Нижегородского  епископа Макария (Миролюбова) Пивоварова изгнала из обители 150 сестёр, преданных Варнаве. Управляющий Выксунскими заводами Мешков и выксунский мировой судья приютили изгнанниц. В общине осталось 50 человек. В конце января 1880 г. посетивший Выксунский монастырь Варнава ненадолго примирил начальницу с сёстрами. Вскоре, нарушив заповеди преподобного не отправлять сестёр на сборы денег, начальница отправила двух насельниц собирать пожертвования, но они потеряли соборные книги. После возвращения сёстры были немедленно изгнаны из обители. 28 июня 1881 г. в общину приехал епископ Макарий и по настоянию начальницы удалил из обители ещё часть сестёр. После ревизии, проведённой комиссией Священного Синода, в начале 1882 г. М. Пивоварова была отстранена от настоятельства, общину возглавила опытная монахиня Митрофания (Крюкова Мария Михайловна), переведённая из рыбинского Софийского монастыря. После кончины в 1892 г. игуменьи Митрофании (похоронена за алтарём Успенской церкви) настоятельницей была избрана бывшая казначея игумена Павла (Кокушкина Прасковья Ивановна). На пожертвования, главным образом, московских и петербургских купцов и дворян Г.Ф. Шустова, Н.А. Журавлёва, А.И. Решетникова и В.Н. Муравьёва в Выксунском монастыре были построены каменные 5-главый Иверский собор с пещерной церковью (1872–1877 гг.), колокольня со святыми вратами (1874–1876, 1894 гг.), 2-этажный больничный корпус с богадельней и домовой 5-главой Успенской церковью (1884–1887 гг.). Благодаря арочному проёму, соединявшему больницу с храмом, тяжелобольные могли слушать службу, не вставая с постели. Больница и богадельня были построены во исполнение просьбы схимницы Дарии (Меркуловой), скончавшейся в Выксунском монастыре. 8 июля 1886 г. община получила статус 3-классного монастыря, где проживала 151 сестра. Средства Выксунского монастыря составляли 31 950 руб., усадебной земли было 19 десятин. В монастыре построили каменный 2-этажный трапезный (1886–1889, 1894 гг.), игуменский (1890 г.) и певческий (1897 г.) корпуса. Под трапезной располагались две пневматические печи, отапливавшие здание. В 1897–1902 гг. к востоку от Иверского храма по проекту архитектора Петра Алексеевича Виноградова (1858–1910 гг.) возведён 4-столпный 5-главный Троицкий собор, главный престол которого освящён в 1909 г., Вознесенский и Всехсвятский приделы – в 1912 г. В 1913 г. был поставлен металлический позолоченный иконостас, все живописные работы выполнены палехской артелью Николая Михайловича Сафонова. Собор, площадью около 1600 кв. м, вмещал 4 тысячи человек. После смерти в 1906 г. Варнавы пожертвования резко сократились, строительство не велось. В Выксунском монастыре почитались икона Сергия Радонежского с частицей древа от его гроба и икона Божьей Матери «Скоропослушница», привезённая с Афона. К началу XX в. на территории монастыря (20 га) имелись паровая машина, водопровод, баня, два пруда, несколько колодцев, скотный двор (60 голов крупного рогатого скота), конный двор (20 лошадей), фруктовый сад и цветники, огороды с парниками.