Яжелбицкий договор установил, что высшей судебной инстанцией должен быть совместный суд великого князя и посадника на Городище. Местные бояре пытались искать поддержку в Литве, пригласив в 1458 г. литовского князя на пригороды, но в конце августа 1459 г., накануне приезда Василия Васильевича, литовский князь покинул территорию Новгородского государства. Василий Васильевич посетил Великий Новгород в 1460 г., чтобы исполнить свои обязанности верховного судьи. В Житии Новгородского архиепископа Ионы, возведённого вечем на кафедру в 1458 г., сохранился ряд сведений о его контактах с Василием Васильевичем. Во время посещения Москвы, где он был поставлен на архиепископство 1 февраля 1459 г., Иона содействовал смягчению напряжённости в отношениях между великим князем и Новгородом и предсказал, что при сыне Василия Васильевича Русь освободится от власти ордынских «царей». По просьбе архиепископа великий князь вместе с сыном дал жалованную грамоту Отней пустыни, освободив население её владений от суда наместников. Спорные земли, Бежецкий Верх, Волок Ламский и Вологду, великий князь удержал за собой и по духовной грамоте передал своим сыновьям. На правление Василия Васильевича пришлись важные события в истории и православия, и Русской церкви, в которых великий князь принял непосредственное участие. Ко времени его вступления на трон переговоры о созыве Собора для обсуждения унии между восточным и западным христианством, инициатором которых был византийский император, вступили в практическую стадию, уже обсуждался вопрос о времени и месте его созыва. Один из активных участников переговоров, игумен константинопольского монастыря св. Димитрия Исидор, был поставлен на Русскую митрополию. 2 апреля 1437 г. он прибыл в Москву, а уже 8 сентября отбыл на Ферраро-Флорентийский собор. В источниках второй половины XV в. можно встретить утверждения, что великий князь был против поездки митрополита и дал согласие лишь тогда, когда митрополит Исидор торжественно поклялся ни в чём не отступать от православия. Однако эти утверждения, скорее всего, были сделаны задним числом, когда определился результат работы Собора. Его созыва требовали, в первую очередь, православные – греки, и уже поэтому великий князь не мог возражать против поездки митрополита; вероятно, великий князь позаботился о том, чтобы посольство могло выступать на Соборе наиболее достойным образом. На Соборе, заседавшем сначала в Ферраре, а затем во Флоренции (1438–1445 гг.), греческие иерархи перед лицом угрозы со стороны турок согласились соединиться с католической церковью на предложенных ей условиях. По единодушному свидетельству источников, великому князю принадлежала главная роль в событиях, происходивших после возвращения митрополита Исидора в Москву в марте 1441 г., когда в Успенском соборе в присутствии митрополита был зачитан текст буллы папы Евгения IV (1431–1447 гг.) о решениях унийного Собора.