Когда и это соглашение было нарушено, духовенство Московской митрополии стало рассматривать Шемяку как отлучённого от церкви, общение с которым христианам запрещено. В походе на Галич (удельную столицу Шемяки), предпринятом Василием Васильевичем весной 1449 г., великого князя сопровождали недавно поставленный митроплит Иона и епископы. В январе следующего года войска Василия Васильевича взяли город, Шемяка бежал в Великий Новгород, где нашёл помощь и поддержку, а военные действия переместились на земли Русского Севера. Церковь продолжала поддерживать Василия Васильевича. Взятый в плен Шемякой Пермский епископ Питирим отказался снять с него отлучение. Когда жители Вятки вместе с галичским князем стали нападать на земли Василия Васильевича, митрополит Иона пригрозил отлучить их от церкви, а священникам обещал лишить их сана, если они не прекратят действовать вместе «с отлучённым от Божия Церкве с князем Дмитреем Шемякой». Тогда же святитель обратился с посланием к Новгородскому архиепископу Евфимию II и жителям Великого Новгорода с требованием не только отказать Шемяке в поддержке, но и с ним «ни ясти, ни пити», т.к. он «сам себе от христианства отлучил своим братоубийством, изменами своими». После смерти Дмитрия Шемяки, отравленного в 1453 г. по приказу Василия Васильевича в Великом Новгороде, митрополит Иона запретил поминать галичского князя на заупокойных службах. Окончание феодальной войны, позволившее боярам и детям боярским «великого княжения» сплотиться вокруг великого князя, значительно укрепило власть Василия Васильевича. Уже с конца 1440 гг. стал выступать в качестве соправителя («великого князя») его старший сын Иван. В 1454 г., когда Иван Можайский не прислал воевод для действий против татар, его княжество было занято московскими войсками. В 1456 г. был арестован и заключён в тюрьму и поддерживавший Василия Васильевича во время смуты Василий Серпуховской. К концу правления Василия Васильевича почти вся территория Московского великого княжения была сосредоточена под его властью. После смерти в 1456 г. рязанского великого князя Ивана Фёдоровича Василий Васильевич стал опекуном его малолетнего сына и послал в Переяславль Рязанский своих наместников. С великим князем Борисом был заключён союз, воспроизводивший в том числе условия московско-тверского договора 1399 г. «быти на татар, и на ляхи, и на Литву, и на немци, и на всякого недруга заодин». Уже в 1455 г. Василий Васильевич выделил удел с центром в Дмитрове своему второму сыну Юрию. По духовной грамоте великого князя в 1462 г. были выделены уделы младшим сыновьям – Андрею Большому, Борису и Андрею Меньшому. Однако в состав новых уделов вошла лишь часть земель, принадлежавших ранее удельным князьям. Такие важные города, как Галич и Боровск (второй по значению центр Серпуховского княжества), вместе с традиционными владениями великих князей и с приобретениями самого Василия Васильевича (как Суздаль) были переданы старшему сыну – Ивану. Такие решения были явно направлены на то, чтобы не допустить в будущем повторения событий междоусобной войны. Окончание войны позволило Василию Васильевичу перейти к активной политике в отношении к соседним государствам.