На собравшемся осенью 1446 г. Соборе духовенства состоялось примирение князей. Василий Васильевич получил в удел Вологду, соглашение было укреплено «крестным целованием и проклятыми грамотами» (документами, которые предусматривали отлучение от церкви стороны, нарушившей присягу). Однако вскоре игумен Кириллова монастыря Трифон освободил Василия Васильевича от клятвы. После этого великий князь стал покровительствовать ученикам преподобного Кирилла Белозерского. Игумен Трифон в 1448 г. стал архимандритом московского в честь Преображения монастыря в Кремле и духовником Василия Васильевича, участвовал в составлении завещания великого князя. Другой ученик преподобного Кирилла (игумен Ферапонтова монастыря преподобный Мартиниан Белозерский) по желанию великого князя стал в 1447 г. настоятелем Троице-Сергиевой обители. Из Вологды, не желая подчиняться Шемяке, Василий Васильевич направился в Тверь к великому князю Борису Александровичу, который предложил ему помощь. Союз был скреплён браком дочери тверского князя Марии и старшего сына Василия Васильевича – Ивана III Васильевича (1440–1505 гг.). В Тверь стали приходить бояре и дети боярские, отказавшиеся служить Шемяке. Василию Васильевичу предложили свои услуги ордынские царевичи Касим и Якуб, сыновья Улуг-Мухаммада, изгнанные своим братом. В ночь на Рождество 1446 г. московско-тверская рать под командованием московского боярина Михаила Борисовича Плещеева (ум. в 1468 г.) внезапным наездом захватила Москву. Началась новая война. Чтобы привлечь на свою сторону удельных князей, великий князь сделал им новые пожалования: брат жены великого князя Василий Ярославич Серпуховской получил Дмитров, Иоанн Можайский – Бежецкий Верх и половину Заозерья, другую половину Заозерья получил его младший брат Михаил Андреевич Верейский. После возвращения Василия Васильевича в Москву русское духовенство активно способствовало укреплению власти великого князя для скорейшего окончания феодальной войны. Важным шагом в этом направлении было посланное 29 декабря 1447 г. Дмитрию Шемяке письмо русских епископов и настоятелей монастырей. Порицая Шемяку за попытки отнять престол у «старейшего брата», сравнивая его с Каином и киевским князем Святополком Владимировичем Окаянным, составители послания приводили многочисленные факты нарушения Шемякой условий договора, заключённого между ним и Василием Васильевичем после его возвращения на великокняжеский трон. Шемяке был поставлен ультиматум: в краткий срок («по Крещении две недели») «исправиться» перед великим князем, в противном случае он будет отлучён от церкви. Этот важный шаг авторы послания мотивировали тем, что Шемяка, «христианство православное до конца губя», вступил в союз «с иноверци, с поганьством и с иными со многими землями», желая «всё православное христианство раздрушити». В начале 1448 г. Шемяка и его союзник Иван Можайский были вынуждены дать великому князю «проклятые грамоты», в которых указывалось, что на нарушившем свои обязательства верности по отношению к великому князю «не буди милости Божьей и Пречистые его Богоматере, и молитв великих чюдотворцев земли нашия», и «благословениа всех епископ земли Русскиа».