Фонды пополнялись, в первую очередь, через покупку или дарение музею частных коллекций. Среди приобретённых при непосредственном участии Викторова для публичного и Румянцевского музеев личных библиотек были богатейшие собрания Тихона Фёдоровича Большакова, П.Н. Муханова, В.М. Ундольского, С.Д. Полторацкого, Д.В. Пискарёва, А.С. Норова, И.Я. Лукашевича, И.Д. Беляева, В.И. Григоровича и др. Учёный составил и издал описания некоторых коллекций рукописей. А.Е. Викторов организовал обмен дублетами с императорской Публичной библиотекой (СПб.), библиотеками Санкт-Петербургской духовной академии, Синода, новгородского Софийского собора, ярославского архиерейского дома. По его инициативе в 1877–1878 гг. в обмен на дублеты старопечатных книг из собрания музея было получено собрание рукописей Олонецкой духовной семинарии. Среди единичных поступлений в Отделение рукописных и старопечатных книг – Архангельское Евангелие 1092 г. Ежегодно в летние месяцы А.Е. Викторов совершал археографические экспедиции, во время которых посещал древние монастыри, изучал и описывал их библиотеки, покупал книги для музея. Результатом его поездок в северные губернии стал труд «Описи рукописных собраний в книгохранилищах Северной России» (СПб., 1890). В зданиях Публичного и Румянцевского музеев А.Е. Викторов организовал несколько постоянных и сменяемых выставок рукописей и старопечатных книг. В 1867 г. археограф открыл в собрании московского предпринимателя Алексея Ивановича Хлудова и подробно описал ранее неизвестную Псалтирь, напечатанную Франциском Скориной (около 1490 – 1551 гг.) в 1517 г. в Праге (ныне хранится в ГИМ). Статья А.Е. Викторова, посвящённая данному изданию («Замечательное открытие в древнерусском книжном мире: Первая книга, напечатанная д-ром Ф. Скориной» // Беседы в ОЛРС. 1867. Вып. 1), содержала книговедческий и лингвистический анализ и во многом сформировала широко использовавшуюся в дальнейшем методику описания славянских старопечатных книг. А.Е. Викторов подготовил к печати описание «Собрание славяно-русских рукописей В.М. Ундольского» (М., 1870), издал составленный Ундольским «Очерк славяно-русской библиографии» (М., 1871), дополнив этот указатель описаниями 670 старопечатных книг. Он начал, но не завершил работу над «Каталогом славяно-русских книг церковной печати Московского Публичного и Румянцевского музеев». На третьем Археологическом съезде (Киев, 1874) А.Е. Викторов прочитал доклад «Не было ли в Москве опытов книгопечатания прежде первопечатного Апостола 1564 г.?», в котором первым из русских учёных сообщил о типографии, работавшей в Москве до Ивана Фёдорова и выпустившей семь безвыходных изданий (так называемая анонимная типография). Подробное описание её изданий А.Е. Викторов предполагал дать в большой работе, которая не была завершена (написанная А.Е. Викторовым часть статьи была опубликована в 1976 г.). Результатом его работы в Оружейной палате стало подробное описание 1219 приходных, расходных и записных книг государевой и царицыной мастерских палат, Оружейной палаты, Конюшенного приказа, Серебряной и Золотой палат, Приказа Большого дворца и других дворцовых приказов («Описание записных книг и бумаг старинных дворцовых приказов». М., 1877–1883. 2 вып.). Этот труд по сей день сохраняет значение и активно используется исследователями.