В 1913 г. Священный Синод принял решение, запрещающее лицам духовного звания руководить деятельностью политических союзов и партий. Руководящие должности в патриотических организациях были вынуждены оставить многие представители активной части духовенства. В сентябре 1913 г., выполняя решение Синода, протоиерей Восторгов и архимандрит Макарий покинули посты в руководстве РМС. Вместо себя Иоанн Восторгов предложил избрать руководителем РМС отставного полковника Валериана Валериановича Томилина. Однако на эту должность претендовал активный московский монархист, в прошлом близкий сподвижник отца Иоанна Василий Григорьевич Орлов. Он был весьма популярен среди рабочих-железнодорожников, из числа которых создал отдел РМС. После того как было принято предложение протоиерея Восторгова, сторонники В.Г. Орлова покинули заседание, а затем на своём собрании избрали своего лидера председателем РМС. За эти действия В.Г. Орлов и его наиболее активные сторонники были исключены из Союза. Они, в свою очередь, исключили из РМС отца Иоанна, архимандрита Макария и В.В. Томилина. Вся эта скандальная история сопровождалась взаимными обвинениями, жалобами правительству и т.п. В итоге группу В.Г. Орлова принял к себе в РНСМА В.М. Пуришкевич. В.В. Томилин вскоре своеобразно «отблагодарил» протоиерея Восторгова за поддержку, публично выступив против него в печати. Освободившись от организационных обязанностей, Иоанн Восторгов смог больше внимания уделять литературно-издательской деятельности. При его непосредственном участии (как редактора, издателя и автора) выходил целый ряд православно-монархических изданий в Москве: газета «Церковность», «Московские церковные ведомости», ежедневная монархическая газета РМС и РуМоСо «Патриот», газета «Русская земля», журналы «Верность» и «Потешный». В 1913 г. вышел в свет первый том «Полного собрания сочинений протоиерея Иоанна Восторгова» (до 1916 г. ему удалось издать пять томов своих сочинений). Не перестал он заниматься духовным просвещением паствы и в годы Первой мировой войны, когда главным делом стала забота о нуждах больных и раненых воинов. В 1915 г. Иоанн Восторгов издал сборник речей и поучений под названием «Вопросы религии и православия в современной великой войне» (последний четвёртый выпуск сборника «Во дни войны. Голос пастыря-патриота» ему удалось выпустить даже в 1917 г.). В ночь на 17 января 1915 г. после непродолжительной, но тяжёлой болезни скончалась его жена Елена Евпловна. После кончины супруги не осталось препятствий к принятию монашества, к чему он давно стремился, и в апреле 1916 г. митрополит Московский Макарий (Парвицкий-Невский) обратился с представлением в Священный Синод хиротонисать отца Иоанна после принятия им монашеского пострига в викарные епископы для Москвы с определением ему заниматься вопросами миссионерства. Рассматривалась также его кандидатура при замещении вакансии на Иркутскую кафедру. В том же году протоиерей Восторгов был избран членом Государственного этому сумел воспрепятствовать А.И. Дубровин, который передал Анне Александровне Вырубовой одно из изданий протоиерея Восторгова, где он обличал Григория Ефимовича Распутина. Он продолжал служить настоятелем собора Василия Блаженного. Во время войны из находящихся под угрозой оккупации западных областей России в Москву были перевезены святые мощи мученика Гавриила Белостокского, младенца, ритуально замученного иудеями. Рака с частицей мощей младенца Гавриила и чудотворная Жировецкая икона Божьей Матери были помещены в собор, где настоятельствовал протоиерей Восторгов. 20 сентября 1915 г. епископ Минский Михаил (Ермаков) в связи с перенесением святынь совершил богослужение, а отец Иоанн сказал по этому поводу слово. С тяжёлым сердцем принял лидер московских монархистов известие о февральском перевороте в Петрограде. Ещё утром 28 февраля, когда не вполне было ясно, что происходит, он говори одному из своих более молодых единомышленников: «Защищаться надо». На уныло-пессимистический вопрос: «Кого защищать?» – отвечал: надо защищать «Порядок, Государство, Русский Народ, который весь теперь занят на позициях, на фронте. Надо идти, как шли мы в первые безнадёжные минуты в 1905...» В своём дневнике он сетовал на недальновидность и нераспорядительность высших чиновников, но уже поздней ночью 28 февраля понял, что катастрофу не остановить. События февраля 1917 г. стали тяжёлым испытанием для всех монархистов. Сгустились тучи и над протоиереем Восторговым. Его собрат священник Троицкой церкви на Арбате Николай Алексеевич Романский рекомендовал властям немедленно арестовать его как «тайного и убеждённого вдохновителя старого строя» (впрочем, власти тогда не вняли призыву доносчика). 7 марта прошло совещание представителей духовенства Москвы, на котором было принято решение «во имя пастырского и патриотического долга» подчиниться Временному правительству. Таким решением московские священники (как, впрочем, раньше и Священный Синод) фактически отрекались от царя.