В августе 1907 г. он участвовал в работе Нижегородского миссионерского съезда, в 1908 г. на четвёртом миссионерском съезде в Киеве выдвинул как одну из главных задач духовенства борьбу с социализмом. Близкие отношения связывали протоиерея Восторгова с Иоанном Кронштадтским (1829–1908 гг.). После подавления революции 1905–1907 гг. власть приступила к ликвидации одной из главных причин беспорядков – крестьянского безземелья. В России началось грандиозное переселенческое движение, и возникла острая потребность в организации духовного окормления русских переселенцев. В 1908 г. Иоанн Восторгов совершил поездку по Дальнему Востоку. После возвращения он был принят императором Николаем II, который поддержал его замысел учредить Братство Воскресения Христова для удовлетворения религиозных нужд русского населения на окраинах. В марте 1909 г. по Высочайшему повелению он был командирован в Сибирь и страны Дальнего Востока для обследования духовных школ и миссий и для обустройства переселенческих пунктов, посетил Японию, Китай и Корею, а затем через Владивосток, Хабаровск и другие города Сибири вернулся в Москву. На переселенческом пункте в Сретенске на площади для 6 тыс. переселенцев Иоанн Восторгов отслужил молебен, после которого произнёс вдохновенную проповедь на тему «Зачем вы едете в Сибирь и что с собой несёте?» После окончания молебна он навестил больных, причём, невзирая на предупреждения врачей, посетил бараки с заразными больными. С 1908 г. монархическое движение начали сотрясать расколы, сопровождавшиеся подчас ожесточённой внутренней борьбой. Протоиерей Восторгов оказался на острие этой борьбы. Сначала против него выступил с целой серией статей консервативный публицист Николай Николаевич Дурново, затем в кампанию включились и некоторые издания, близкие к Александру Ивановичу Дубровину. У Восторгова не сложились отношения с лидером СРН. Из-за разногласий и внутренней борьбы в июне 1908 г. он и его заместитель по монархическим организациям Москвы архимандрит Макарий (Гневушев) были вынуждены оставить руководящие должности в Московском губернском Совете СРН, а весной 1909 г. А.И. Дубровин добился исключения протоиерея Восторгова из Союза. Напротив, довольно близкие отношения были у Иоанна с противником Дубровина Владимиром Митрофановичем Пуришкевичем. Он был одним из учредителей и с 1908 г. до середины 1915 г. членом Главной Палаты созданного В.М. Пуришкевичем Русского Народного Союза им. Михаила Архангела (РНСМА), был даже избран почётным председателем РНСМА. Во время своих многочисленных поездок по Сибири, Дальнему Востоку и Туркестану Иоанн Восторгов открыл там много отделов РНСМА. Антивосторговские публикации регулярно начали появляться в органе Главного Совета СРН газете «Русское знамя» и ярославской газете «Русский народ» с 1908 г. На основе этих публикаций в 1909 г. была издана брошюра «Правда о расколе в среде правых». Анонимные авторы называли главными орудиями раскола В.М. Пуришкевича и протоиерея Восторгова. В своих обвинениях некоторые его противники доходили до намёка, будто неожиданная смерть В.А. Грингмута и Юрия Петровича Бартенева дело его рук. Неурядицами в правом движении воспользовались противники монархии в среде государственного и церковного истеблишмента. Под лозунгом «Церковь вне политики» была предпринята попытка запретить духовенству участие в деятельности политических партий. Поскольку клирики и монашествующие были членами, главным образом, монархических партий, удар наносился именно по право-монархическому движению. В январе 1909 г. протоиерею Восторгову удалось отстоять в Священном Синоде мысль о необходимости участия духовенства в правых партиях и союзах. Большую роль сыграло то, что ему выразил доверие император, пожаловав орден св. Владимира третьей степени и подарив монархическим союзам Москвы свой портрет. В марте 1909 г. протоиерей Восторгов отбыл в очередную миссионерско-пропагандистскую поездку по Сибири, Дальнему Востоку, Японии и Китаю. После возвращения он организовал в Москве 12 августа 1909 г. пастырские курсы, которые готовили священнослужителей и миссионеров для епархий Сибири и Дальнего Востока. Епископ Евлогий (Георгиевский), лично познакомившийся с организацией курсов, высоко оценивал деятельность Иоанна Восторгова как заведующего курсами, вспомнив о нём, как о «человеке незаурядного ума и большой энергии». 9 сентября 1909 г. он был назначен настоятелем Князь-Владимирской церкви при Епархиальном доме, а 6 октября 1909 г. избран почётным членом Казанской духовной академии (редкий случай, когда священнослужитель, не имевший высшего духовного образования, удостаивался такой чести). В условиях раскола правого движения протоиерей Восторгов попытался собрать монархический съезд в Москве. Последний Всероссийский Съезд Русских Людей состоялся весной 1907 г.