В Туруханской больнице, где Валентин Феликсович сначала был единственным врачом, он выполнял сложнейшие операции (резекция верхней челюсти по поводу злокачественного новообразования, чревосечения брюшной полости в связи с проникающими ранениями с повреждением внутренних органов, остановки маточных кровотечений, предотвращение слепоты при трахоме, катаракте и др.). Единственная церковь в округе находилась в закрытом мужском монастыре, священник которой принадлежал к обновленческому движению. Епископ Лука регулярно ездил туда совершать богослужения и проповедовать о грехе церковного раскола. Проповеди имели большой успех: все жители округи и монастырский священник стали сторонниками патриарха Тихона. В конце года на приём к Валентину Феликсовичу пришла женщина с больным ребёнком. На вопрос, как зовут ребёнка, ответила „Атом“ и объяснила удивлённому врачу, что имя новое, сами выдумали. На что Валентин Феликсович спросил: „Почему не назвали поленом или окном?“ Эта женщина была женой председателя крайисполкома В.Я. Бабкина, который написал заявление в ГПУ о необходимости повлиять на реакционера, распространяющего ложные слухи, представляющие опиум для народа, являющиеся противовесом материальному мировоззрению, которое осуществляет перестройку общества к коммунистическим формам и наложил резолюцию: «Секретно. Губуполномоченному – для сведения и принятия мер». 5 ноября 1924 г. хирург был вызван в ГПУ, где с него взяли подписку о запрете богослужений, проповедей и выступлений на религиозную тему. Кроме того, крайком и лично В.Я. Бабкин требовали отказа епископа от традиции давать благословение пациентам. Это вынудило Валентина Феликсовича написать заявление об увольнении из больницы. Тогда за него вступился отдел здравоохранения Туруханского края. После трёх недель разбирательств 7 декабря 1924 г. Енгуботдел ГПУ постановил вместо суда избрать мерой пресечения гр. Ясенецкого-Войно высылку в деревню Плахино в низовьях реки Енисей, в 230 км за Полярным кругом. Последовало длительное путешествие по льду замёрзшего Енисея, в день по 50–70 км. Однажды Валентин Феликсович замёрз так, что не смог самостоятельно передвигаться. Жители станока, состоящего из трёх изб и двух земляных домов, радушно приняли ссыльного. Он жил в избе на нарах, накрытых оленьими шкурами. Каждый мужчина поставлял ему дрова, женщины готовили и стирали. Рамы в окнах имели большие щели, через которые проникал ветер и снег, который скапливался в углу и не таял; вместо второго стекла были вморожены плоские льдины. В этих условиях епископ Лука крестил детей и пытался проповедовать. В начале марта в Плахино прибыл уполномоченный ГПУ, который сообщил о возвращении епископа в Туруханск. Власти Туруханска сменили решение после того, как в больнице умер крестьянин, нуждающийся в сложной операции, которую без Войно-Ясенецкого сделать было некому. Это так возмутило крестьян, что они, вооружившись вилами, косами и топорами стали громить сельсовет и ГПУ. Епископ Лука вернулся 7 апреля 1925 г., в день Благовещения, и сразу включился в работу. Уполномоченный ОГПУ был вынужден общаться с ним вежливо и не обращать внимания на совершаемое благословение пациентов. Узнав о прошедшем 75-летнем юбилее великого физиолога, академика Ивана Петровича Павлова (1849–1936 гг.), ссыльный профессор посылает ему 28 августа 1925 г. поздравительную телеграмму. Сохранился полный текст ответной телеграммы И.П. Павлова Войно-Ясенецкому: «Ваше преосвященство и дорогой товарищ! Глубоко тронут Вашим тёплым приветствием и приношу за него сердечную благодарность. В тяжёлое время, полное неотступной скорби для думающих и чувствующих по-человечески, остаётся одна опора – исполнение по мере сил принятого на себя долга. Всей душой сочувствую Вам в Вашем мученичестве. Искренне преданный Вам Иван Павлов». Научные идеи В.Ф. Войно-Ясенецкого начинают распространяться в Советском Союзе и за рубежом. В 1923 г. в немецком медицинском журнале «Deutsche Zeitschrift» публикуется его статья о новом методе перевязки артерии при удалении селезёнки, в журнале «Archiv fur klinische Chirurgie» публикуется статья о кариозных процессах в рёберных хрящах и их хирургическом лечении, а в 1924 г. в «Вестнике хирургии» появляется сообщение о хороших результатах раннего хирургического лечения гнойных процессов крупных суставов. 20 ноября 1925 г. в Туруханск пришло постановление об освобождении гражданина Войно-Ясенецкого, которое ожидалось с июня. 4 декабря Валентин Феликсович, провожаемый всеми прихожанами Туруханска, отъехал в Красноярск, куда прибыл лишь в начале января 1926 г. Он успел сделать в городской больнице показательную операцию («оптическую иридэктомию») – по возвращению зрения путём удаления части радужной оболочки. Из Красноярска епископ Лука отправился поездом в Черкассы, где жили родители и брат Владимир, а потом приехал в Ташкент.