И снова Валентин Феликсович спасал самых тяжёлых больных и продолжал изучать научную литературу (в 1913 г. родился сын Валентин). В 1915 г. Валентин Феликсович издал в Петрограде книгу «Регионарная анестезия» с собственными иллюстрациями, которую в 1916 г. он защитил как диссертацию и получил степень доктора медицины. Однако книгу издали таким тиражом, что у автора не нашлось даже экземпляра для отправки в Варшавский университет, где он мог бы получить за неё премию (900 руб. золотом). В Переславле Валентин Феликсович задумал новый труд – «Очерки гнойной хирургии». В это же время состояние здоровья Анны Васильевны ухудшалось, и весной 1916 г. Валентин Феликсович обнаружил у жены признаки туберкулёза лёгких. Узнав о конкурсе на должность главного врача Ташкентской городской больницы, немедленно подал заявку, поскольку в те времена у врачей бытовала уверенность, что туберкулёз можно вылечить климатическими мерами; сухой и жаркий климат Средней Азии в этом случае подходил идеально. Войно-Ясенецкие прибыли в Ташкент в марте1917 г. Хотя больница там была устроена намного лучше, чем земские, однако и здесь же было мало специалистов и слабое финансирование; отсутствовала система канализационных стоков и биологическая очистка сточных вод. Опыт и знания Валентина Феликсовича были полезными местным врачам: с конца 1917 г. в Ташкенте происходили уличные перестрелки, в больницы поступало много раненых. В январе 1919 г. произошло антибольшевистское восстание под руководством Константина Павловича Осипова (1896–1919 гг.), после подавления которого на горожан обрушились репрессии: в железнодорожных мастерских вершила революционный суд «тройка», обычно приговаривавшая к расстрелу. В больнице лежал тяжелораненый казачий есаул В.Т. Комарчев. Валентин Феликсович отказался выдать его красным и тайно лечил, укрывая на своей квартире. Некий служитель морга по имени Андрей, дебошир и пьяница, донёс об этом в ЧК. Войно-Ясенецкий и ординатор Ротенберг были арестованы, но до рассмотрения дела их заметил один из известных деятелей Туркестанской ячейки РКП(б), который знал Валентина Феликсовича в лицо. Расспросив, он отправил их обратно в больницу. Валентин Феликсович, вернувшись в больницу, распорядился готовить больных к операции, словно ничего не случилось. Однако арест мужа нанёс здоровью Анны Васильевны серьёзный удар, болезнь резко усилилась, и в конце октября 1919 г. она скончалась. Две ночи после её кончины Валентин Феликсович читал над гробом Псалтырь. Он остался с четырьмя детьми, старшему из которых было 12, а младшему – 6 лет (в дальнейшем дети жили у медицинской сестры из его больницы Софьи Сергеевны Белецкой). Несмотря на всё это, Валентин Феликсович вёл активную хирургическую практику и способствовал основанию в конце лета 1919 г. Высшей Медицинской школы, где преподавал нормальную анатомию. В 1920 г. был образован Туркестанский Государственный университет. Декан Медицинского факультета П.П. Ситковский, знакомый с работами Войно-Ясенецкого по регионарной анестезии, добился его согласия возглавить кафедру оперативной хирургии. После кончины супруги религиозные взгляды Валентина Феликсовича укрепились. Очевидцы вспоминают: «Неожиданно для всех, прежде чем начать операцию, Войно-Ясенецкий перекрестился, перекрестил ассистента, операционную сестру и больного. В последнее время он это делал всегда, вне зависимости от национальности и вероисповедания пациента. Однажды после крестного знамения больной (по национальности татарин) сказал хирургу: „Я ведь мусульманин. Зачем же Вы меня крестите?“ Последовал ответ: „Хоть религии разные, а Бог один. Под Богом все едины“». Войно-Ясенецкий регулярно посещал воскресные и праздничные богослужения, был активным мирянином, сам выступал с беседами о толковании Священного Писания. В конце 1920 г. он присутствовал на епархиальном собрании, где произнёс речь о положениях дел в Ташкентской епархии. Под впечатлением этого Туркестанский и Ташкентский епископ Иннокентий (Пустынский) предложил Валентину Феликсовичу стать священником, на что он сразу согласился. Уже через неделю был посвящён в чтеца, певца и иподиакона, затем – в диакона, а 15 февраля 1921 г. в день Сретения – в иерея. И в больницу, и в университет отец Валентин стал приходить в рясе с крестом на груди, кроме того, он установил в операционной иконы Божьей Матери и стал молиться перед началом операции. Он был назначен четвёртым священником собора, служил только по воскресеньям, и на него легла обязанность проповеди. Епископ Иннокентий пояснил его роль в богослужении словами апостола Павла: «Ваше дело не крестити, а благовестити» (1 Кор. 1:17).