Благодаря деятельности «ревнителей» было восстановлено произнесение в храмах проповедей и утверждено единогласие, т.е. ликвидирована практика одновременного совершения нескольких чинопоследований или нескольких частей одного чинопоследования при богослужении. Первая попытка ввести единогласное пение была сделана «ревнителями» на Соборе 1649 г., которая окончилась неудачей. Собор решил «служити по прежнему» – «говорити голоса в два, а по нужде в три» (кроме шестопсалмия). Вонифатьев выступил против Собора, вслед за царским духовником не поставили свои подписи под постановлением новоспасский архимандрит Никон, протопоп Неронов, а также многие настоятели московских и подмосковных монастырей. Патриарх Иосиф 11 февраля 1649 г. подал Алексею Михайловичу челобитную на Вонифатьева за то, что тот назвал членов Собора «волками и губителями», и просил созвать Собор на Вонифатьева. Однако челобитная была оставлена без ответа, царь не утвердил решения Собора. По вопросу о единогласии патриарх Иосиф обратился к Константинопольскому патриарху Парфению II (1644–1646, 1648–1651 гг.). В декабре 1650 г. в Москву из Константинополя пришла грамота, подтвердившая правильность единогласия, которое в обязательном порядке ввёл в Русской церкви Собор 1651 г. «Боголюбцы» сыграли значительную роль в развитии книгопечатания. Благодаря деятельности кружка расширился круг книг, издававшихся Печатным двором: помимо богослужебных книг были выпущены учебная «Грамматика» Мелетия (Смотрицкого; 1648 г.), полемические Сборник из 71 «Слова» (1647 г.) и «Книга о вере» игумена Нафанаила (1648 г., напечатана, по свидетельству диакона Феодора Иванова, «тщательством благаго духовника (царя) Стефана Вонифатьевича»), «Собрание краткия науки о артикулах веры», содержащее «Малый Катехизис» Петра (Могилы; 1649 г.), Книга Кормчая (1650 г.) и другие издания. Под влиянием Вонифатьева к грекофильскому направлению столичных реформаторов перешёл Никон (этот же кружок доставил ему патриаршество). В начале 1650 гг. Вонифатьев получал жалованье на Печатном дворе. По мнению некоторых исследователей, царь поручил ему наряду с Крутицким митрополитом Питиримом надзор за работой Печатного двора. Алексей Михайлович и Вонифатьев по-новому понимали дело просвещения на Руси, считая необходимым привести русскую церковную жизнь в строгое соответствие с греческой. Эта позиция во многом сформировалась под влиянием приезда в 1649 г. в Москву Иерусалимского патриарха Паисия (1645–1660 гг.), обратившего внимание царя на некоторые расхождения между русскими и греческими богослужебными чинопоследованиями, после чего к царю обратился Вонифатьев, указывая на необходимость унификации. По-видимому, решение об исправлении русских богослужебных книг по греческим и было началом церковной реформы, практическое осуществление которой, связанное с деятельностью патриарха Никона, привело к расколу. Посредником в соотнесении русской церковной жизни с греческой стала юго-западнорусская книжность, греческие книги почти не были использованы (привлекались отдельные современные венецианские издания, а не греческие рукописи). Под влиянием Вонифатьева и Ртищева была составлена царская грамота, благодаря которой для исправления русских богослужебных книг из Киево-Могилянской коллегии в Москву 2 июля 1649 г. прибыли украинские дидаскалы Дамаскин (Птицкий), Арсений Сатановский, Епифаний (Славинецкий). Они преподавали в греко-латинской школе, созданной Вонифатьевым в конце 1640 гг. в Москве на Государевом дворе. Москвичи при этом отмечали, что «киевляне всех укоряют и ни во что не ставят благочестивых протопопов Ивана (Неронова), и Стефана (Вонифатьева), и иных». Вонифатьев был противником западноевропейского влияния на русский двор. Шведский резидент в Москве писал, что, если следующим главой Русской церкви будет избран Вонифатьев, против иностранцев в «усердии и кознях не будет недостатка».