Однако опасность не миновала, революционный напор на Россию не прекратился, и «через плотину стали уже кое-где просачиваться предательские струйки». Поэтому Вязигин призывал своих единомышленников к бдительности и кропотливой работе: «Опасность отсрочена, но не миновала, и надо укрепить воздвигнутую народом преграду. Надо детищу стихийного, оскорблённого чувства придать стойкость убеждённого сознания, и не позволить врагу обойти народное дело, подмыть и ослабить его устои». Одним из реальных способов повлиять на ситуацию он считал активное участие монархистов в политической деятельности, принял деятельное участие в выборной кампании в III Государственную Думу. Правыми кругами он был выдвинут кандидатом в депутаты от Харькова. Ему удалось грамотно организовать предвыборную кампанию. В частности, он привлёк к составлению листовок и прокламаций для крестьян и рабочих черносотенцев из простонародья, которым были понятны чувства и мысли представителей своих сословий, которые могли изъясняться языком народа. В итоге Вязигин одержал убедительную победу на выборах. Победа кандидата от монархистов в крупном городе была редким явлением, поэтому известие об этом вызвало бурю энтузиазма. 22 октября 1907 г. в день Казанской иконы Божьей Матери состоялось чествование члена Государственной Думы Вязигина, превратившееся в крупную патриотическую манифестацию. Членом Государственного Совета протоиереем Т.И. Буткевичем в сослужении с о. П.Н. Скубачевским был отслужен молебен, после окончания которого Т.И. Буткевич от имени Харьковского СРН благословил профессора Вязигина образом Озерянской Божьей Матери и сказал напутственное слово, отметив: «Мы знаем, какую веру, и какое благоговение Вы питаете к Матери Божией, тёплой Ходатайнице нашей пред Богом». С приветственными речами выступили председатель Харьковского СРН Г.К. Уткин, член Совета Харьковского PC профессор Я.А. Денисов, харьковский судья, член СРН И.М. Бич-Лубенский, который передал Вязигину завет харьковчан: «Не отдавать ни пяди родной земли ни внешним, ни внутренним врагам». Вязигина приветствовали также ораторы от русских женщин, студентов, рабочих и др. На патриотическом вечере были зачитаны поздравительные телеграммы от епископа Белгородского Иоанникия (Ефремова), председателя Совета PC князя М.Л. Шаховского, Н.Н. Родзевича, А.С. Шмакова, Д.А. Хомякова, руководителя Тамбовского Союза Русских Людей М.Т. Попова, протоиерея С. Городцова (будущий митрополит Варфоломей) и других видных политических и общественных деятелей. В III Государственной Думе профессор Вязигин играл заметную роль благодаря своей активности и ораторским способностям. 22 октября 1908 г. после смерти графа В.Ф. Доррера он был избран председателем фракции правых. От имени правых он резко выступал против посягательств Думы на права монарха, против принятия законопроекта о переходе из одного вероисповедания в другое, внесённого октябристами и левыми и принятого Думой, за укрепление религиозного образования. Наиболее важные его выступления в Государственной Думе: «Незыблемость Самодержавия – основа государственного строя России», «Незаконность решения Государственной Думой религиозных вопросов», «Задача русского народного просвещения», «Цель похода против церковно-приходских школ». Во время одного из выступлений, когда Вязигин проводил анализ национального состава студенчества, отмечая непропорциональное преобладание в нём еврейского элемента, слева раздался выкрик, что выяснение национальности – это мракобесие, на что профессор Вязигин спокойно ответил: «Если до меня говорили представители различных национальностей и отстаивали свои интересы, то мне, как русскому человеку, можно отстаивать интересы того народа, к которому я принадлежу». В период легислатуры III Государственной Думы он входил в Бюро для взаимной осведомлённости и совместных действий правых деятелей, которое состояло из трёх членов Думы (А.С. Вязигин, Г.Г. Замысловский и граф А.А. Бобринский) и трёх членов Государственного Совета (А.С. Стишинский, М.Я. Говорухо-Отрок и князь А.Н. Лобанов-Ростовский) под председательством члена Государственного Совета князя A.А. Ширинского-Шихматова. Во время своего пребывания в составе Государственной Думы под влиянием B.М. Пуришкевича А.С. Вязигин наряду с другими правыми думцами сблизился с Русским Народным Союзом им. Михаила Архангела (РНСМА). В 1909–1912 гг. он был членом Главной Палаты РНСМА, в 1913 г. – членом редакционной комиссии «Книги русской скорби» и членом Комиссии РНСМА для подготовки празднования 300-летия Дома Романовых. 8 ноября 1909 г. читал лекцию «Об основных законах Российской Империи» для членов Первого Российского Экономического Рабочего Союза, созданного при Союзе. Призыв Вязигина к единомыслию и единодушию, обращённый к своим харьковским соратникам, оказался пророческим. Вскоре после его отъезда в столицу в Харьковском СРН начались распри, перешедшие в 1909 г. в открытый конфликт: 24 члена СРН написали жалобу на председателя отдела Хоменко, в их числе был давний соратник Вязигина профессор В.И. Алъбицкий.