В том же году папа Григорий XI (1370–1378 гг.), только что переселившийся из Авиньона в Рим, прислал в Англию пять булл, в которых предавал осуждению 18 (в некоторых копиях 19) положений (conclusiones), извлечённых из сочинений Виклифа. Вслед за тем умер Эдуард III; регентство, назначенное ввиду малолетства Ричарда II (1377–1399 гг.), было на стороне реформатора; архиепископ Кентерберийский и епископ Лондонский не нашли возможным потребовать ареста Виклифа, как это следовало по смыслу папской буллы, а отправили в Оксфордский университет приказ произвести расследование по его делу. Оксфордские богословы были сильно рассержены вмешательством церковной иерархии во внутренние дела независимого университета. В ответе, посланном ими в Лондон, они заявили, что все conclusiones Виклифа ничего еретического в себе не заключают, и только форма, в которой он выражает свои мысли, может давать повод к неправильным толкованиям. Виклиф опубликовал свой ответ на папские обвинения и явился в Лондон на суд епископов. Заступничество матери короля и сочувственная Виклифу манифестация лондонской толпы связали руки духовной власти; епископы только просили его не говорить публично на щекотливые темы. В том же 1378 г. начался так называемый великий раскол: преемником Григория XI был избран Урбан VI (1378–1389 гг.), а вслед за тем недовольная часть кардиналов избрала антипапу Климента VII. С этого момента Виклиф становится решительным противником папства, монашества и в том числе нищенствующих орденов, с которыми в начале своей деятельности был в согласии. Вместе с Николаем Герфордом и Джоном Пэрви он переводит всю Библию с латинского на английский язык, пишет английские трактаты и говорит английские проповеди. Для распространения своих мнений организует и рассылает по стране так называемых «бедных священников», нападая на  сам принцип духовной власти – на догмат пресуществления в том смысле, в каком его понимала католическая церковь (Оксфордский университет осудил это учение Виклифа). В 1381 г. произошло восстание под предводительством Ват-Тайлера (т.е. Вальта-кровельщика). Пользуясь этим, враги Виклифа попытались бросить тень на реформатора. Преемник убитого во время восстания архиепископа Кентерберийского, бывший лондонский епископ Вильям Куртен, созвал на 17 мая 1382 г. синод из 10 епископов и 50 других лиц для осуждения мнений Виклифа. Его учение было осуждено, но самого реформатора оставили в покое. Зато его последователи в Оксфордском университете подверглись преследованию и были принуждены отречься от своих мнений. Тем самым Оксфордскому университету был нанесён ощутимый удар, от которого он долго не мог оправиться: его лучшие силы были парализованы. Виклиф удалился в свой приход, где и умер, незадолго перед этим отправив в Рим извинение, что по болезни не может повиноваться приказанию папы, который звал его к своему двору для следствия и суда. Генриху IV Ланкастерскому (1399–1413 гг.) и его преемникам удалось подавить религиозно-политическое движение, во главе которого стоял Виклиф (так называемый виклифизм, или лоллардизм), но его следы не были уничтожены и сказались впоследствии, в XVI в. Учение Виклифа было в массе рукописей занесено на континент и не осталось без влияния на взгляды как идеолога чешской Реформации Яна Гуса (1369–1415 гг.), так и самого инициатора Реформации Мартина Лютера (1483–1546 гг.). Критическое издание сочинений Виклифа было предпринято в Лондоне с 1882 г. Главные сочинения о нём: Dr. G.V. Lechler, «Johann von Wiclif und die Vorgeschichte der Reformation» (Лейпц., 1879); W.W. Shirley, «Fasciculi Zizaniorum» (1858); F.D. Matthew, «The English Works of Wyclif hitherto unprinted» Лондон, 1880); R.L. Poole, «Wycliffe and Movements for Reform» (Лондон, 1889).