Епархиальные и губернские власти с недоверием относились к деятельности миссии. Епископ Аарон (Нарциссов), сменивший на Архангельской кафедре епископа Неофита (Докучаева-Платонова), инициатора учреждения миссии для ненцев, обвинял Вениамина в отступлении от предписаний, в «лености и недеятельности». Архангельский генерал-губернатор С.И. Миницкий старался привлечь внимание начальства к «печальным, неудачным действиям миссии». В результате 1 мая 1830 г. миссия была закрыта, Вениамин вернулся в Антониев Сийский монастырь. Для ненцев были организованы три прихода, началось строительство церквей, 25 марта 1831 г. Вениамин присутствовал при освящении Никольской церкви на реке Колве. Поскольку приходские священники за следующие 28 лет крестили лишь 177 ненцев, исследователи делают вывод, что закрытие миссии оказалось преждевременным. С 16 июля 1830 г. Вениамин являлся настоятелем Михаило-архангельского монастыря, благочинным монастырей и соборов Архангельской епархии. В Михаило-Архангельском монастыре были отремонтированы собор, колокольни, ризничный корпус, архив, библиотека, часовенная палатка, в 1831 г. при монастырской мельнице построили новую плотину. 14 декабря 1832 г. Вениамин был вызван в Санкт-Петербург на чреду священнослужения, за чем обычно следовало поставление во епископы. Однако после окончания чреды в марте 1834 г. ему было объявлено монаршее благоволение, и спустя некоторое время он вернулся в Архангельск. 29 июня 1839 г. он был назначен настоятелем Кий-Островского Крестного монастыря, энергично взялся за восстановление обветшавших монастырских зданий. Благодаря успешному сбору пожертвований настоятелю удалось не только сделать необходимый ремонт, но и приобрести для монастыря подворье в Архангельске. В декабре 1842 г. архимандрит Вениамин по предложению архангельского губернатора П.В. Степанова стал членом-корреспондентом Архангельского губернского статистического комитета. Страдал от ревматизма, приобретённого в тундре, и просил о перемещении его в более тёплую местность. 26 июня 1847 г. переведён настоятелем в Глуховский Петропавловский монастырь в Черниговской губернии. Погребён в склепе под соборной церковью монастыря. Вениамин является автором нескольких опубликованных этнографических работ о мезенских ненцах, записок, посвящённых деятельности миссии. В декабре 1834 г. получил диплом за «Словарь (лексикон) самоедского языка» и «Грамматику самоедского языка» (обе рукописи впоследствии были утеряны). Также утрачены переводы Нового Завета, катехизиса и некоторых молитв, сделанные Вениамином на ненецкий язык. Издано: О Вайгаче и самоедском идоле // Сын Отечества. 1828. Ч. 35; Самоеды мезенские // Вестник РГО. 1855. Кн. 3; Обращение в христианство мезенских самоедов: Записки архимандрита Вениамина // ХЧ. 1850. Ч. 2. Лит: Страдомский А.И. Вениамин Смирнов, архимандрит Глуховского Петропавловского монастыря, просветитель мезенских самоедов. Чернигов, 1875; Шульгин В. Архимандрит Вениамин – просветитель мезенских самоедов // Архангельские ЕВ. 1895. № 21; № 23; № 24; Эпизод из миссионерской деятельности архимандрита Вениамина // Там же. 1896. № 23; Козмин Н. Архангельские самоеды: Очерк их быта и верований. СПб., 1913; Базанов А.Г. Миссионеры и миссионерские школы на Архангельском Севере. Архангельск, 1936; Волынская В.А. Вениамин // Поморская энциклопедия: В 5 тт. Архангельск, 2001. Т. 1: История Архангельского Севера.