В гносеологии он последовательно противопоставляет друг другу два вида познания: естественное, активное, определённое преимущественно субъектом, и сверхъестественное, пассивное, исходящее от самого познаваемого объекта. Первый вид познания включает, в свою очередь, чувственное и рациональное познания, обусловленные активностью познающего, что делает их ограниченными. Это учение дало повод первым исследователям творчества Вейгеля (Й. Опелю и Р. Грюцмахеру) рассматривать его как прямого предшественника родоначальника немецкой классической философии Иммануила Канта (1724–1804 гг.). Вейгель учил, что только внутреннее просвещение, интеллектуальное (или духовное) познание (сверхъестественное), порождённое прямым воздействием высших сил на человеческую душу, свободно от субъективной ограниченности и может претендовать на абсолютную значимость. Из этого различения он выводит также характерное для протестантских мистиков противопоставление «духа» «букве», считая, что опора на чувственное и рациональное познание приводит к субъективно обусловленным разногласиям в толковании и объяснении Священного Писания, и только ориентация на духовное постижение позволяет проникнуть в его истинный смысл. Указывая на субъективные составляющие акта познания, Вейгель вслед за Ф. Парацельсом подчёркивает, что сама возможность его обусловлена единством микро- и макрокосма. Всё доступное познанию уже должно быть в познающем. Здесь теория познания Вейгеля смыкается с космологией и антропологией. Человек, согласно Вейгелю, есть центр мира, он содержит в себе всё то, что содержится в мире. Таким образом, всякое познание есть, в сущности, самопознание. Трём типам познания соответствуют три мира, образующие единую целостную вселенную: мир физический (или земной), мир астральный (или ангельский) и мир Божественный; а также три составляющие человеческого бытия: материальное тело, астральное тело (или «тело сил») и дух. В космологии Вейгеля, впитавшей в себя множество астрологических и алхимических мотивов, преобладает воспринятое им от Ф. Парацельса виталистическое понимание природы как органического единства сил. Однако при этом он в духе неоплатонизма подчёркивает иерархический характер соотношения трёх миров: физический подчинён астральному, астральный – Божественному. Более низкий уровень всегда нуждается в более высоком, в то время как высший вовсе не нуждается в низших. В трактате «О местоположении мира» Вейгель специально доказывает, что вопрос «где?» имеет смысл лишь применительно к вещам внутри мира, но не к миру в целом, откуда следует, что не существует никаких «мест» вне мира. На этом основании он приходит к мысли об имманентности Бога миру: Бог есть повсюду в мире, а мир – в Боге; души пребывают в Боге, а Бог – в душах. Утверждение об имманентности Бога миру сочетается у Вейгеля с признанием тварности мира. Поэтому его учение исследователи не могут однозначно квалифицировать как пантеизм. Следуя традиции немецкой мистики, Вейгель, подобно Иоганну Экхарту и богослову-мистику Генриху Сузо, говорит о двух аспектах в Боге: абсолютно непостижимой неразличённой Божественности и личностном Боге, раскрывающимся во взаимной соотнесённости Лиц Троицы. При разъяснении соотношения между этими аспектами Вейгель прибегает к заимствованному им у кардинала Николая Кузанского (1401–1464 гг.) различию между complicatio (свертывание) и explicatio (развертывание): «Бог есть сущность всякой сущности… Эта сущность называется бесконечной (infinitum). Так как она непостижима, невыразима и неисследима для всякой твари как творения… то Бог есть «свёрнутое» (complicative) всякой сущности и живой жизни, но всё же Бог не есть творение, подлежащее развертыванию (explicative)».