В 1617 г. близ часовни поселился некий старец, к нему собралась братия, и составился Пертоминский в честь Преображения Господня монастырь (ныне пос. Пертоминск в 120 км от г. Архангельска). Монахи поставили церковь, и иеромонах Ефрем отправился в Вологду за антиминсом, но на обратном пути был убит «литовскими людьми». Опасаясь их нападений, монахи покинули обитель. В 1619 г., во время настоятельства иеромонаха Иакова, храм в монастыре был освящён в честь Преображения Господня, в часовне над мощами Вассиана и Ионы устроена рака. Исследователи полагают, что к этому времени относятся первые попытки канонизации святых. «Сказание» свидетельствует, что иеромонах Иаков пытался обрести мощи Вассиана и Ионы, который вместе с иеромонахом Авраамием раскопал землю в часовне и открыл гроб. Пишут, что Авраамий «от невежества и простоты своея» дерзко коснулся ног одного из святых, но неведомая сила отбросила его от мощей, после чего он пролежал в расслаблении два дня и не мог говорить. Вассиан и Иона почитались среди жителей Поморья, основным занятием которых был морской промысел. Во второй половине XVII в. святые были уже известны далеко за пределами этого региона. Имена «преподобных отец Васияна и Германа, иж на мори на Унских рогах» без указания дня памяти внёс в свой Месяцеслов келарь Троице-Сергиева монастыря Симон (Азарьин). После обретения мощей игумену монастыря было велено «приити в Москву, да тамо сочинивше службу преподобным от чудес, повелением царевым в тиснение предати». Строитель Пертоминского монастыря Михаил Харзеев (1675–1689 гг.) ездил в Москву и рассказал царю Феодору Алексеевичу (1676–1682 гг.) и царевнам «о учениках святителя Филиппа». В списке пространной редакции «Жития» середины XVIII в. помещены тропарь, кондак и молитва Вассиану и Ионе, в списке XVIII–XIX вв. – служба святым. Большинство чудес, содержащихся в «Сказании», рассказывают о помощи святых своей обители в годы неурожаев и голода. Так, «чудо о недороде» повествует, как во время сильного голода по решению братии в город за пропитанием пошёл казначей Варсонофий, а вся братия в это время служила молебен у раки святых. В городе казначей первым делом посетил дом купца Степана Дмитриева, который по наущению жены Марии Александровны отказал Варсонофию. Днём Мария увидела сон, в котором неизвестные ей святые умоляли её пожалеть голодных монахов. Проснувшись, она узнала на иконе явившихся ей во сне Вассиана и Иону. Осознав свой грех, женщина попросила мужа найти приходившего к ним инока и дать монастырю 30 мер хлеба. Рассказ об этом чуде пертоминские монахи якобы слышали от самой Марии Александровны. В 1764 г. монастырь был упразднён, возобновлён в 1774 г., однако потом пришёл в упадок. По свидетельству епископа Макария (Миролюбова), в 1881 г. из монастырских построек сохранился только каменный Преображенский собор, построенный в 1684 г. В начале XX в. над мощами святых поставили посвященную им каменную церковь. Местная канонизация Вассиана и Ионы была подтверждена включением их имён в Собор Вологодских святых, празднование которому было установлено в 1841 г., а также в Соборы Карельских и Новгородских святых, установленные в 1974 и 1981 гг. Частицы мощей преподобных ныне хранятся в Покровской церкви близ г. Кириллова (Вологодская область). В литературе XIX в. Пертоминский монастырь иногда именуется Крестиморовским (например, у Зверинского), в связи с чем в агиологической литературе. У архиепископа Сергия (Спасского) в Месяцеслове, у Е.Е. Голубинского в «Истории канонизации русских святых» и др. встречаются сообщения о несуществовавшем святом – Вассиане Крестомировском (Крестиморовском, Кратемировском), под которым исследователи понимают или Вассиана Пертоминского, или преподобного Вассиана Строкинского.