В Соловецком летописце записано: «В лето 7096 (1588) августа в 2 день Божиим изволением в пресловущем граде Москве при благоверном цари и великом князе Феодоре Ивановиче всея Русии и при митрополите Иеве явися новый великий чюдотворец Василей Нагой и простил три души, две девицы да нищего старца, и от того дни у чюдотворцова гроба великие чюдеса и прощение многим людем». Этот же текст приведён в Новгородско-псковской летописи 1630 г. Пискарёвский летописец относит начало совершения чудес от мощей Василия Блаженного и создание раки к 7093–7094 (1584–1586) гг. В Мазуринском летописце начало чудотворений отнесено к 7097 г. (т.е. к периоду с 1 сентября 1588 по 31 августа 1589 г.). Малое «Житие» Василия Блаженного содержит описание чудес, совершившихся при гробнице святого в период со 2 августа 1588 по 1 января 1591 г. Исследователи предполагают, что это описание было составлено причтом храма Покрова на Рву, возможно, при участии протопопа Димитрия, который упоминается в рассказе о первых шести чудесах (протопоп Димитрий записал и случаи чудотворений Иоанна Московского в 1589–1590 гг.). По мнению исследователей, описание первых шести чудес Василия Блаженного было составлено уже в августе 1588 г. Оно встречается отдельно от «Жития» в одной из самых ранних рукописей, сообщающих о Василии Блаженном – конца XVI в. (в сентябре и октябре 1588 г. были записаны чудеса 7–21, в августе 1590 г. – январе 1591 г. добавлены чудеса 22–24 и чудеса, совершившиеся в г. Лихвине). Прославление Василия Блаженного совершалось в торжественной обстановке и, по-видимому, было связано с подготовкой учреждения патриаршества в России, т.к. помимо прочего перед находившейся в Москве греческой делегацией нужно было продемонстрировать богатство духовных дарований Русской церкви. По свидетельству Дж. Флетчера, собор Покрова на Рву, куда были перенесены мощи святого, посещался с величайшим почтением не только простыми людьми, но и высшей знатью, «императором» (царём Фёдором) и «императрицей» (царицей Ириной). Дни и ночи напролёт звонили соборные колокола, возвещавшие о чудесах, совершённых по молитвам Василия Блаженного. По словам Дж. Флетчера, некоторые чудеса у гробницы блаженного в период с января по май 1589 г. были фальсифицированы монахами (например, «исцеление» мнимого хромого, уличённого в обмане и заточённого в монастырь, где он обвинял монахов, заставивших его пойти на это). В 1589 г. царь и царица вложили в собор покров на гробницу Василия Блаженного. Живое участие в канонизации святого принял Борис Фёдорович Годунов (1587–1605 гг.). Согласно свидетельству участника посольства патриарха Иеремии, архиепископа Арсения Эласонского (1550–1625 гг.), Борис Годунов «устроил много сребровызолоченых рак, украсив их многочисленным жемчугом и драгоценными камнями, и переложил в них чудотворные мощи святых, просиявших в Москве и по всей России», и среди них – «святого блаженного Василия чудотворца» (по-видимому, речь идёт не о времени царствования Годунова, но о предшествующем царствовании Фёдора Ивановича). По словам Дж. Флетчера, зимой 1588/1589 г. Борис Годунов носил в храм Василия Блаженного своего больного сына-младенца (поскольку советов врачей он якобы не слушал, то сын умер). Английский посланник, по-видимому, пишет о Фёдоре Борисовиче Годунове, который родился в конце 1588 г. (или в начале 1589 г.), однако известно, что он был убит в начале июня 1605 г. Судя по самым ранним сборникам, исследователи утверждают, что уже в конце XVI в. существовало две службы святому разного состава, причём одна из них была написана до прославления Василия Блаженного в августе 1588 г. Большинство списков содержат начинающуюся с великой вечерни полиелейную службу, 28 списков начинаются с малой вечерни, 12 включают только один канон. Наиболее древний канон Василия Блаженного был составлен соловецким старцем Мисаилом ранее 1587 г. (поскольку он скончался в 1587 г.), к канону сделана пометка: «Творение старца Мисаила Соловецкого». Уже в конце XVI в. служба распространилась в рукописных сборниках. По-видимому, в 1590 гг. Элассонский архиепископ Арсений написал греческую службу блаженному. В сборниках с «Житием» встречается похвала Василию Блаженному, составленная на основе икоса третьей песни канона второй службы и Похвалы Ростовскому юродивому и чудотворцу, блаженному Исидору Твердислову (ум. в 1474 г.).