В ситуации противоборства Альфонсо Арагонского и папы Евгения IV (1431–1447 гг.) возникли такие антиклерикальные сочинения Валлы, как написанный в 1439–1443 гг. диалог «О монашеском обете» («De professione religiosorum», 1442 г., опубликован в 1869 г.), в котором подвергает критике монашество, и прежде всего «Рассуждения о подложности так называемой Дарственной грамоты Константина» («Declamazioine contro la donazione di Constantino», написано в 1440 г.; издано в 1517 г., а также в 1869 г.), ставшее образцом исторической критики текста. Опираясь на данные латинского языка, истории, археологии, географии, нумизматики, Валла доказал подложность документа, в течение многих веков служившего обоснованием притязаний пап на светскую власть. В 1444 г. Валла был привлечен к инквизиционному суду, но его спасло заступничество Альфонсо Арагонского. В том же году он выступил с защитой своих взглядов в «Апологии против клеветников» (1543 г.). По заказу короля Валла написал в 1445–1446 гг. исторический труд «О деяниях Фердинанда, короля Арагона» («Historiae Ferdinandi regis Aragoniae», 1445–1446 гг.), посвященный правлению отца Альфонсо. В написанной в 1445 г. «Апологии», обращенной к папе Евгению IV («Apologia ad Eugenio IV») Валла развивает свои взгляды на монашество и церковную власть. К этому времени относится и окончательная редакция диалога «Об истинном и ложном благе» (1447 г.), в котором через полемику стоика, эпикурейца и христианина Валла высказывает свое мнение о высшем благе, представляющем собой синтез учений эпикурейства и христианства. Возвратившись в Рим при папе Николае V (1447–1455 гг.), поклоннике ренессансной культуры и покровителя гуманистов, Валла получает сначала должность переписчика, а в 1448 г. должность апостолического секретаря в курии. В 1450 г. он начинает преподавать риторику в Римском университете, переводит по заданию папы с греческого сочинения историков Фукидида и Геродота, работает над сочинением «Критический текстологический комментарий к Новому Завету» («In novum Testamentum ex diversorum in utriusque linguae codicum collatione adnotationes»), осуществляя критическое сопоставление греческого текста Нового Завета с его латинским переводом (другое название – «Примечания к Новому Завету», 1505 г.). Своими критическими работами Валла внес существеннейший вклад в переосмысление средневекового мировоззрения и создание предпосылок новоевропейского знания и самосознания. В своем творчестве он воплотил идеал свободного мыслителя, для которого главным авторитетом является его собственный разум, а стимулом творчества – пытливость беспокойного ума. Критицизм Валлы был выражением его внутреннего достоинства и автономии духа. За это ему приходилось платить высокую цену: ни охранители церковных традиций, ни деятели гуманистического круга не прощали ему воинствующего интеллектуального нонконформизма. Скорее всего, Валла и в самом деле был дерзким, заносчивым, высокомерным, поэтому и итальянский гуманист Бартоломео Фацио (автор сочинения «О знаменитых людях», ум. в 1457 г.), и Поджо Браччолини (писатель и собиратель античных рукописей, 1380–1459 гг.), не сильно преувеличивали, упрекая его в этом. Однако из творений самого Валлы, в особенности из «Апологии», с очевидностью следует, что не его собственная персона, а истина и только истина волновала его больше всего, и в отыскании истины, в образовании молодежи и просвещении тех, до кого можно достучаться, видел Валла свой долг и жизненное предназначение. Поэтому он является подлинным представителем эпохи гуманизма. Филология у него оказывается не просто предметом научных занятий, но и мощным исследовательским методом. Именно благодаря филологическому анализу, заключавшемуся в критической семантической реконструкции текста, ему удалось продвинуться и в понимании классических юридических текстов, и понимании Нового Завета, и в анализе насущных философских, социально-философских и логических проблем.