В августе 1940 г. наркоматом ВМФ СССР был отдан приказ о наборе в роту юнг, которая предполагалась как особое учебное подразделение школы боцманов. Школа просуществовала до начала Великой Отечественной войны. Утром 19 сентября 1941 г. канонерские лодки «Бира», «Бурея» и «Селемеджа», на бортах которых разместился весь бывший состав школы боцманов, покинули остров. 20 сентября 1941 г., после проведенной воздушной разведки, на остров высадились финские войска. Сразу начались работы по укреплению обороны острова: привезены артиллерийские орудия, на мысу Черный нос установили новую батарею. Однако части, дислоцированные на Валааме, не принимали участия в военных действиях; в 1941–1944 гг. не было и бомбардировок острова. Лишь дважды на протяжении войны советские корабли приближались к Валааму, но каждый раз поворачивали назад прежде, чем попали под удар артиллерии. В эти годы иноки несколько раз посещали обитель для приведения в порядок Валаамского хозяйства. 19 сентября 1944 г. военные подразделения финской армии, общая численность которых составляла не менее 2 тыс. человек, покинули архипелаг. Некоторые финские фортификационные сооружения до сих пор напоминают о тех трагических днях в истории острова. Осенью 1944 г. на опустевший остров прибыли несколько девушек, бойцов тылового подразделения, для обеспечения фронта молочными продуктами. В 1949 г. на острове был создан совхоз. В течение тридцати двух лет (1952–1984 гг.) здесь находился дом-интеpнат для инвалидов войны и престарелых. В Спасо-Преображенском соборе из-за конденсата и протечек кровли осыпалась живопись. В нижней церкви собора хранились овощи. В алтаре Успенской церкви открыли магазин. В Воскpесенском скиту обосновалась туристическая база. По воспоминаниям островитян, «директор дома инвалидов разбирал и сжигал деревянные часовни – отапливал ими свинарник и коровник; председатель сельсовета жег старые церковные книги и иконы». В 1950-е гг. был сожжен деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос. Погибли Назариевская пустынь и около 20 деревянных часовен на островах. От строений Коневского скита к середине 1950-х гг. остались только фундаменты. Церковь, перевезенную на центральную усадьбу, приспособленную под кормокухню, позже также уничтожил пожар. Были разрушены и находившиеся под попечением Валаамской обители Андрусовский и Сяндемский монастыри (Олонецкий район Республики Карелия), а также, в значительной части, Палеостровская обитель преп. Корнилия на Онежском озере. Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 г. (ныне, как и Владимирская, отстроена заново). В 1965 г. власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму новую жизнь. Были и другие попытки. В 1979 г. природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников (1971, 1985 гг.). Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе – зала органной музыки, строительство нового поселка на 1000 жителей. 18 сентября 1989 г., по инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскpесенского и Гефсиманского. Первые шесть насельников – иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил), прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 г. и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов («Морской дом»). Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 г., на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 гг. С 1990 г. Валаамский монастырь получил статус ставропигиального. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы. Восстановлены одиннадцать скитов (из тринадцати, существовавших на начало XX в.).