С юности он считал своим долгом приобрести глубокие познания в области материалистической науки, для того, чтобы преобразовать её как бы «изнутри». Теперь же убедился, что мышление, взятое в своём сверхчувственном аспекте, есть общение с живыми существами, а не игра отвлечёнными понятиями. И тогда в духовном мире Штайнер встретил «демонические силы», которые препятствуют тому, чтобы познание природы вело к духовному видению, и стремятся превратить мысли в бездушный механизм: «Для них истиной является и то, что мир есть машина». Впоследствии эти силы он назовёт «ариманическими существами», «слугами Аримана». Штайнер должен был вести с ними ту внутреннюю борьбу, цель которой он ясно сознавал: «Вопреки бурям, бушующим в моей душе, я должен был в тот момент спасти своё ясновидение». Жажда духовного познания в последние годы XIX в. привела его к определённым религиозными воззрениям, которые не совпадали с официальными. Христианство говорит о том, что человек не может постичь духовный мир, развивая свои собственные духовные силы, моральные же законы основываются на догматах. Это противоречило пониманию духа Штайнером, согласно которому духовный мир в человеке и природе тоже доступен восприятию человека, как и мир чувственный. И мораль для него не могла диктоваться извне, в виде закона, а являлась следствием развития человеческой души и человеческого духа, в которых живёт божественное начало: «Того христианства, которого я искал везде, я не находил нигде в современных вероисповеданиях. После периода испытания, когда мне пришлось выдержать жестокие внутренние битвы, я смог погрузиться в реальность христианства, то есть в мир, где говорит сам Дух, являя истину о себе». Путь к познанию Христа привёл Штайнера к величайшему переживанию, о котором он пишет: «Тот факт, что в торжественном акте внутреннего познания я предстал перед Мистерией Голгофы, наложил печать на всё дальнейшее развитие моей души». В 1897–1900 гг. Рудольф Штайнер написал книгу «Мировоззрения и жизневоззрения XIX века», где описал развитие философии, начиная с эпохи Гёте и Канта вплоть до рубежа XX в. (в 1914 г. он дополнил этот труд, охватив всю историю философии, начиная с греческих философов и кончая эйнштейновской теорией относительности; эта книга была издана под названием «Загадки философии»). В течение зимы 1900/1901 гг. Штайнер прочитал серию лекций о великих мистиках Средневековья, а в следующую зиму – серию лекций под названием «Христианство как мистический факт», которую он затем переработал и опубликовал как книгу. В ней он доказывает, что не только проповеди еврейских пророков, но и мистерии древности также были подготовкой к пришествию Христа, т.е. к пришествию на Землю Божественного Космического Существа. Высказывая такой взгляд на пришествие Христа, Рудольф Штайнер вступал в решительное противоречие с учением Теософского общества, считавшего Христа только одним из «Учителей мудрости» среди многих других, и отнюдь не более значительным, нежели другие. Тем не менее, после окончания этого цикла лекций ему было предложено руководить немецкой секцией Теософского общества, вопрос об учреждении которой стоял тогда на повестке дня. Штайнер ответил согласием, но поставил условие, что он должен сохранить во всей своей деятельности полную независимость и будет излагать только то, что является плодом его собственных духовных исследований. Во многих изданиях, повествующих о его личности и жизнедеятельности, часто используется слово «тайноведение», поскольку один из его ключевых трудов так и называется – «Очерк тайноведения», хотя этот термин вызывает у разных людей различные ассоциации. Для многих он имеет магическую силу вследствие отождествления его с некоторыми тайными знаниями. Они убеждены, что в мире, помимо всего известного, существует ещё нечто, что недоступно познанию естественным путём. У Штайнера это слово употребляется в смысле «открытых тайн» в явлении мира. То, что в этих явлениях остаётся «тайным», неоткрытым, когда мы наблюдаем эти явления путём физических органов чувств и связанного с ними рассудка, – рассматривается у него как объект и содержание сверхчувственного метода познания.