Его учение комплексно и чрезвычайно интересно. Отдельные части учения находятся в сложном многоуровневом единстве, так что, к примеру, физиология человека оказывается тесно связанной с космологией, а педагогика – с мифологией. Поэтому при любых попытках написать краткий очерк антропософии неизбежно приводит исследователей к вульгарным упрощениям, выхолащивающим её суть. Сам Штайнер считал, что антропософия – это «осознание человеком своей человечности», и утверждал, что решающим для поведения человека, его самооценки и мироощущения является способ, каким он определяет себя через своё сознание, поскольку только тогда, когда человек знает, кто он, он может правильно формировать себя. А оценивал человека Штайнер очень высоко, ставя его некоторым образом в центре всего мироздания. Христианство ещё в начале 1890 гг. он решительно отвергал, но к концу десятилетия эту религию воспринимал уже позитивно, хотя и не в традиционном понимании. Впоследствии мыслитель дополнил своё понимание формирующих человека факторов восточными идеями перевоплощения и кармы. Значительная часть творчества Рудольфа Штайнера посвящена изучению органов чувств человека. Разрабатывая проблему смысла мистериальных и эзотерических знаний, занимаясь психологическими опытами и анатомо-физиологическим изучением человеческого тела, он пришёл к выводу, что существует больше, чем известно науке, количество органов чувств, а именно 12. Некоторые из дремлющих в человеке органов чувств, по сути, – особые органы сверхчувственного восприятия и подражания «учителям человечества» – Будде, Заратуштре, Платону, Иисусу Христу, которые являются вочеловечиванием высшего духа. Именно на основе изучения данных чувств Штайнер создал свою антропософию как науку, согласно которой человек путём развития скрытых в нём таинственных возможностей может достичь господства над природой. Главным источником его антропософии, по мнению исследователей, является книга «Мистерии древности и христианство», где основополагающей мыслью является мнение, что все мировые религии древности – суть предтеча для возникновения христианства. В древних мистериях знали о наличии Единого Бога, но всячески скрывали от широких масс монотеистическую религию. Красной нитью через всю работу прослеживается постулат о существовании мистического мира наряду с реальным. Эта же мысль прослеживается в работе «Порог духовного мира» и в «Очерке тайноведения», где говорится о духовном самосовершенствовании человека, о путях его духовного просветления. Основными терминами здесь являются «иммагинация» (проникновение в духовную сферу ясновидческим путём) и «инспирация» – близкий к стратификации термин, но используемый только в штайнеровском «духоведении». Произведение Рудольфа Штайнера «Из летописи мира» повествует о космической эволюции человечества, а «Теософия» –  о предпосылке возникновения самой антропософии. Его философские произведения родились из убеждения, что «истинный путь в духовный мир ведёт, прежде всего, через опыт переживания чистых идей». Ещё в 1886 г., в книге «Основы теории познания гётевского мировоззрения» а также в диссертации о проблемах теории познания), делается решительная попытка пошатнуть основы кантовской теории познания. Добавив к ней предисловие и заключительную главу, он опубликовал её в том же году в виде книги под названием «Истина и наука». Эти работы были для Рудольфа Штайнера подготовкой к самому значительному из его философских произведений – «Философия свободы». В первом издании книга имела подзаголовок: «Результаты психологических наблюдений, проведённых согласно естественнонаучному методу». Штайнер хотел приложить к философии методы наблюдения, принятые в современной науке, но, изменив ориентацию наблюдений, направить их на внутреннюю жизнь. Он показывает, что человек, развивающий в этом отношении необходимую силу мысли, может посредством точного восприятия чистых идей, «отрешённых от чувственного мира», перешагнуть «границы познания», о существовании которых твердили теоретики, и вновь найти себя как свободное существо в мире духовном, в мире идей. В 1895 г. вышла его книга «Фридрих Ницше – борец против своей эпохи», а в 1897 г. – «Мировоззрение Гёте».