Архитекторы не решились перекрыть нижнюю капеллу одним сводом, несмотря на небольшую ширину – около 11 м. Чтобы удержать тяжесть верхней капеллы, помещение было разделено изящными колоннами на центральный и два боковых нефа. Готическая каркасная конструкция, усиленная скрытыми железными тягами, освободила простор для окон, и стены буквально растворились в сиянии витражного света. Поэтому главным украшением верхней капеллы являются именно витражи. Их площадь составляет 600 кв. м, и две трети из них – подлинные произведения витражного искусства XIII в. В них доминируют красный и синий цвета, что отличает их от более позднего круглого витража XV в. на западной стороне капеллы. Витражи выполнены по мотивам библейских сюжетов, повествующих об истории человечества от сотворения мира до казни Иисуса Христа. Каждое витражное окно поделено на стрельчатые арки и «читается» слева направо и снизу вверх. Из 1134 библейских и религиозных сюжетов, запечатлённых на витражах, 720 дошли до нас с XIII в., прочие изготовлены при реставрации заново. Пятнадцать витражей (от северной стены по часовой стрелке) расположены в следующем порядке: 1 – Бытие, 2 – Исход, 3 – Числа, 4 – Книга Иисуса Навина, 5 – Книга Судей Израилевых, 6 – Книга пророка Исайи и Иессеево Древо, 7 – Святой Иоанн Богослов и Детство Христа, 8 – Страсти Христовы, 9 – Святой Иоанн Креститель, 10 – Книга пророка Данииила, 11 – Книга пророка Иезекииля, 12 – Книги Иудифи и Иова, 13 – Книги Есфири, 14 – Книги Царств, 15 – История реликвий Страстей Христовых. С первого по четвёртый и последние четыре витража, расположенные вдоль нефа, составлены из четырёх стрельчатых арок, остальные образованы парой арок. Круглый витраж на западной стороне капеллы посвящён Откровению Иоанна Богослова. Скульптуры вдоль стен также изображают апостолов. Расположение персонажей подчёркивает их символическую роль как столпов церкви. Шесть статуй подлинные, остальные – копии XIX в., заменившие сильно повреждённые оригиналы. За свою многовековую историю капелла подвергалась нескольким реставрациям. В частности, в ходе работ в XV в. были заменены шпиль и круглый витраж на западной стороне. Будучи символом королевской власти, капелла сильно пострадала во время Французской революции: были разграблены мебель и реликвии, разбиты тимпаны, сломан шпиль, а органы перевезены в церковь Сен-Жермен-л,Оссерруа. В результате разграбления часть священных реликвий была утеряна, сохранившиеся находятся в Парижской Национальной библиотеке, а терновый венец – в Соборе Парижской Богоматери. Большинство статуй были спасены французским археологом Александром Ленуаром и ныне находятся в здании Сент-Шапели. В 1803 г. витражи капеллы были сняты на два метра по высоте, а здание превращено в архивный склад. Снятые витражи были либо проданы, либо уничтожены. В настоящее время часть сохранившихся витражей находится в музеях: три медальона – в Филадельфийском музее искусств, часть витражных секций – в парижских музеях Клюни и Виктории и Альберта. Большие реставрационные работы в здании были начаты в 1837 г. Ими руководили архитекторы Виоле-ле-Дюк, Феликс Луи Жак Дюбан и Лассюс. В результате капелла и оставшиеся витражи XIII в. были полностью отреставрированы. Кроме того, был воссоздан новый деревянный шпиль, являющийся точной копией шпиля XV в. В 2008 г. началась реставрация семи витражей. Стоимость работ – €10 млн. Чтобы оценить всю красоту витражей Сент-Шапели, туристам рекомендуется посетить капеллу в солнечный день. В этом случае особенно хорошо раскроют себя витражи второго яруса часовни.