Он не был народным избранником, потому что греки никогда не позволили бы себе по доброй воле посадить на патриаршую кафедру Константинополя славянина. Рафаил II назначен был в патриархи волей султана Магомета III (1595–1603 гг.). Константинопольский собор, со своей стороны, лишь исполнил пустую формальность, когда изъявил согласие иметь Рафаила II патриархом. Видимо, и султан не сам пришёл к мысли возвести Рафаила II в патриархи, но действовал под влиянием своей мачехи, сербки и христианки Марии. Возможно, что мачеха пожелала видеть патриархом одного из членов её свиты, каким и мог быть Рафаил II. Впрочем, исследователи признают, что Мария не упоминается греческим летописцем при рассказе об этом патриархе. Тем не менее, назначение Рафаила II в патриархи было встречено в Византийской церкви с явной оппозицией: Ираклийский митрополит, который по древнему обычаю посвящал Константинопольского патриарха, на этот раз не пожелал исполнить этого долга и сказался больным. Двое других важнейших иерархов (Кесарийский и Эфесский) тоже уклонились от этой чести. Посвящал Рафаила II Анкирский митрополит, может быть, и не по доброй воле. Оппозиция ничуть не думала мириться с назначением. Истинным торжеством для неё была та минута, когда Рафаил II должен был внести обещанные им султану две тысячи дукатов, а между тем в казне патриарха не было ни гроша. Да и взять их ему было негде, поскольку все константинопольские христиане (по замечанию летописца) решили не оказывать помощи Рафаилу II. Греки добивались того, чтобы патриарх стал банкротом. Когда Рафаил II не смог внести в казну султана указанную выше сумму, то он был посажен в темницу (по словам летописца). Согласно историку Илариону Кигале, в темницу его бросили не турки, а сами же греки из ненависти к патриарху. Находясь в темнице, Рафаил II будто бы заявил, что пусть позволят ему ходить по улицам и собирать деньги в надежде, что ему удастся собрать столько денег, сколько нужно для уплаты в казну. Ему это позволили, однако возложили на его шею тяжёлую железную цепь, за которую его водил по улицам столицы какой-то турок. Разумеется, собрать ту сумму, какая была нужна, не было никакой возможности. Патриарх мог собирать лишь столько денег, сколько ему было необходимо на пропитание или (по саркастическому выражению летописца) на объедание и пьянство. Это – одна из самых драматических страниц в истории Константинопольской патриархии новейших времён. Однако, делая критические замечания по поводу истории патриарха Рафаила II, исследователи не отвергают исторических фактов, т.к. не намерены идти наперекор всем историкам. Они считают, что было бы слишком смело выставлять Рафаила II исключительно жертвой национальной вражды. Тем не менее, они утверждают, что, по всей вероятности, Рафаил II не был таким потерянным человеком, каким рисует его греческая историография. Допускать сильное преувеличение в изображении пороков патриарха Рафаила II заставляет исследователей уже то обстоятельство, что Константинопольскую кафедру занимал только один славянин, и тот, по уверению греков, был жалким человеком.