Одинаковое право с князьями получали и имперские города, а даже имперские рыцари. Этим своим постановлением имперский сейм предоставлял светским властям (хотя и временно) решать религиозный вопрос по собственному смотрению. Церковь как бы ставилась в зависимость от государства, и государственной власти давалось право производить церковные преобразования. Исследователи утверждают, что новая церковная организация начала прочно утверждаться в княжеских и имперских городах, принявших Реформацию (Саксония, Гессен, Ангальт, Франкония, Люнебург, Верхняя Фрисландия, Шлезвиг-Гольштейн, Нюрнберг, Аугсбург, Ульм, Страсбург и др.) только после Шпейерского сейма 1526 г. У Лютера к этому времени окончательно сложилось убеждение, что епископская власть в церкви должна быть передана государям. Лютеранские князья сделались верховными правителями церквей в своих землях, поручив надзор за церковной жизнью особым суперинтендентам, а в середине 1530 гг. учредили консистории с административной и судебной властью над духовенством. Введение нового богослужения и церковного устройства сопровождалось секуляризацией собственности церквей и монастырей. Лютер хлопотал о том, чтобы хотя бы часть доходов с секуляризованных имений шла на содержание храмов и священников, школ и учителей, а также благотворительных учреждений и бедных; но лишь в отдельных случаях эти доходы получали такое назначение. В большинстве случаев бывшие духовные имения обращались князьями в личную пользу или раздавались их приближённым. Католические князья следовали примеру лютеранских и таким же образом производили у себя конфискацию церковных имений, что дало повод Лютеру шутить над их лютеранским усердием, превосходившим усердие самих лютеран. Одновременно с лютеранством стало распространяться в юго-западной Германии, из Цюриха, учение Ульриха Цвингли (1484–1531 гг.). Между обоими реформаторами началась полемика. В конце 1520 гг. последователями обоих учений грозила большая опасность со стороны католиков, которая заставила курфюрста Саксонского и ландграфа Гессенского заключить тайное соглашение с Нюрнбергом, Ульмом и Страсбургом для взаимной защиты. Когда Лютер узнал об этом союзе, то настоял, чтобы курфюрст отказался от союза с городами Ульмом и Страсбургом, принявшими цвинглианское учение о евхаристии. С большим трудом Филиппу Гессенскому, дорожившему союзом со швейцарцами, удалось устроить между Лютером и Цвингли диспут в Марбурге, где был подписан акт, указывавший, в чём обе стороны согласны и в чём не согласны. В это самое время (1529 г.) Карлу V, ещё раз победившему Франциска I и соединившегося с ним папу Климента VII, представилась возможность вмешаться в религиозные дела Германии, что не могло не затронуть основного политического вопроса об отношениях между императором и князьями. Этот политический вопрос, главным образом, и разрешался в следующую четверть века (1530–1555 гг.) в связи с дальнейшим ходом религиозной Реформации. Около 1530 г. общественные и народные движения предыдущих лет уступают место борьбе между государственными властями; религиозная Реформация из живого национального дела превращается в дело одних князей. В 1529 г. в Шпейере был собран сейм, на котором от имени императора было предложено восстановить Вормский эдикт из-за возникновения разных сект. Большинство прямо выразило согласие подчиниться Вормскому эдикту, а меньшинство составило протестацию, подписанную пятью князьями (в том числе курфюрстом Саксонским и ландграфом Гессенским) и уполномоченными 14-ти имперских городов. Они получили название «протестантов», распространившееся впоследствии на всех оставивших католическую церковь. Протест был актом неповиновения императору: князья и имперские города становились в положение подданных и заявляли, что во всём остальном они готовы повиноваться императору, но только не в том, что касается славы Божьей и спасения души. Протестанты выставляли принцип невмешательства государственной власти в дела совести, но, будучи сами государями в своих владениях, делались в них верховными устроителями церковных дел, требовавшими подчинения подданных новому порядку.