Политические смуты, отождествлявшиеся с делом религиозной Реформации, в глазах Лютера только портили это дело; такое же искажение дорого ему церковной реформы он видел и в сектантстве. В поисках прочной власти, которая могла бы помочь ему выполнить его задачу, Лютер должен был заключить союз с князьями; но этот союз не мог быть чем-либо иным, как подчинением церкви государству. Князья, принимавшие реформу Лютера, выигрывали от неё: они освобождались от власти папы, секуляризировали церковную собственность, подчиняли себе местное духовенство, превращавшееся в чиновников, и вступали во многие права, которые прежде принадлежали церкви. Таким образом, если инициатива реформационного движения в Германии вышла снизу, из народа, то воспользовались результатами этого движения носители государственной власти на отдельных территориях, на которые разделялась тогдашняя Германия. Проведя церковную реформу при помощи князей, Лютер отступил от многих начал своего первоначального религиозного протеста: его преобразования в вероучении и церковной жизни получили официальное признание и в силу этого стали поддерживаться внешним авторитетом гражданской власти, хотя это совсем не совпадало с индивидуалистическим исходным пунктом религиозного миросозерцания Лютера. Впрочем, отношение князей к Реформации менялось. Сначала все они были на стороне оппозиции Риму. В отсутствие Карла V во главе Германии находилось имперское правление (Reichsregiment), состоявшее из курфюрстов и из уполномоченных от отдельных округов Германии. В 1522 г. оно пригласило саксонских епископов принять меры против виттенбергских беспорядков, но когда Лютер успокоил смуту, курфюрсту Саксонскому удалось склонить имперское правление к тому, чтобы Вормский эдикт был оставлен без последствий. Само управление благосклонно относилось к Реформации, надеясь посредством неё освободить Германию от папских поборов. В 1523 г. папе Адриану VI (1522–1523 гг.) имперское правление и собравшийся в Нюрнберге сейм прямо отказали привести в исполнение церковное отлучение и государственную опалу, тяготевшие над Лютером. Сейм выставил целый ряд жалоб против курии с требованием скорейшей отмены злоупотреблений и созыва Вселенского собора для реформы церкви. Некоторые города и князья начали вводить у себя виттенбергские церковные порядки, т.е. главным образом, богослужение на народном языке, заменившее католическую мессу. После рыцарского восстания и крестьянской войны наступила реакция. Рыцарей и крестьян победили князья, жаловавшиеся на слабость и бездействие имперского правления, и в 1524 г. его личный состав был изменён сообразно с желаниями партии, враждебной Реформации. На сейме 1524 г. уже не было того единодушия, которым отличалось собрание имперских чинов предыдущего года: образовалась партия, прямо заявлявшая, что всё должно остаться по-старому, тем более что папство сделало многим князьям разные уступки. Государи Австрии, Баварии и некоторых других земель получили от самого папы то, что другие приобрели благодаря Реформации. Согласившись на ограничение прежнего произвола курии и прежних поборов, папа Климент VII (1523–1534 гг.) расширил вместе с тем власть князей над местным духовенством и даже отдал им часть церковных имуществ и доходов, за что князья обязывались преследовать лютеранство в своих владениях. Такое соглашение курии с южными немецкими князьями было оформлено на Регенсбургском съезде в июне 1524 г., после чего в Австрии, Баварии и Зальцбурге начались гонения на приверженцев Реформации. Реакция, направленная, главным образом, против анабаптистов, происходила и в землях, уже принявших Реформацию. Лютер, сам говоривший в 1520–1521 гг. революционным языком не только о папе, но и о светских властях, а в начале крестьянского восстания находивший, что оно вызвано угнетениями князей и господ, к концу восстания с яростью громил мятежных крестьян, призывал колоть их, бить, убивать как изменников, грабителей и людей, которые, прикрывая свои дела Евангелием, на самом деле служат чёрту. В 1526 г. Карл V, незадолго перед тем победивший Франциска I, потребовал от сейма в Шпейере исполнения Вормского эдикта. Но, пользуясь восстановлением войны, сейм постановил, что в религиозном вопросе каждый имперский чин будет, до разрешения спора на Вселенском соборе, действовать так, как сочтёт это нужным, чтобы быть правым перед Богом и императорским величеством.