В связи с трагической кончиной митрополита Виленского Сергия (28 апреля 1944 г.) и эмиграцией Александра Паулуса суд не состоялся. Все эстонские приходы и часть русских приходов продолжали считать Александра Паулуса главой церкви до самого конца его пребывания в Эстонии. Оккупационные власти не препятствовали его деятельности, однако запретили поддерживать связь с Константинопольским патриархатом. Епископ Нарвский Павел из переписки с Александром Паулусом к маю 1942 г. сделал вывод, что тот «циркуляром от 14 октября порывает всякую связь с Матерью-Церковью» и даже «идёт по пути разрыва со Вселенской Церковью». Он и большинство русских приходов сохранили каноническую верность экзарху Латвии и Эстонии митрополиту Сергию. 20 сентября 1944 г. немецкими оккупационными властями Александр Паулус был насильственно эвакуирован в Северную Германию в лагерь Омштеде под г. Ольденбургом. Там во временной лагерной церкви-бараке Александр Паулус открыл первый зарубежный эстонский приход. С волной беженцев Эстонию покинули 22 клирика и часть мирян ЭАПЦ. В других лагерях Германии также появились временные храмы, в которых богослужение совершалось на родном для эстонцев языке. В марте 1947 г. Александр Паулус получил разрешение поселиться в Швеции и до своей смерти проживал в Стокгольме. 15 января 1948 г. им был учреждён Синод для управления 17 эстонскими приходами в разных странах: Швеции (7), США (4), Канаде (3), Англии (1), Германии (1) и Австралии (1). В эмиграции он по-прежнему считал себя главой автономной церкви, продолжая до самой смерти именоваться митрополитом Таллиннским и всей Эстонии, несмотря на то что Таллиннскую кафедру в это время уже занимали канонические архипастыри, находившиеся в юрисдикции РПЦ. 25 октября 1953 г. Александр Паулус был похоронен на православном Лесном кладбище в Стокгольме. В его отпевании не принял участия никто из официальных представителей Константинопольского патриархата. После кончины Александра Паулуса приходы эстонской диаспоры по их просьбе были включены в местные епархиальные структуры Константинопольского патриархата.