Накануне хиротонии протоиерей Александр принял рясофор и произнёс архиерейское исповедание. Свою деятельность Предстоятеля автономной Эстонской церкви он осуществлял с помощью возглавляемого им исполнительного органа – Синода, избиравшегося Собором церкви. Кафедральным собором стал эстонский Преображенский собор в Таллине. Под настойчивым давлением эстонских властей и радикальной части эстонского духовенства, желавших разрыва связей между Эстонской и Русской церквами и получения автокефалии от Константинопольского патриархата, 23 сентября 1922 г. Собор автономной Эстонской церкви принял решение об обращении к патриарху Константинопольскому и Священному Синоду Константинопольской церкви с просьбой довершить каноническое устройство Эстонской православной церкви и предоставить ей канонические права автокефальной церкви. В июне 1923 г. в Стамбуле прошли переговоры между патриархом Константинопольским Мелетием IV (Метаксакисом), провозгласившим принадлежность своему патриархату всей православной диаспоры, к которой Константинополь относил также и епархии Русской православной церкви, оказавшиеся за пределами РСФСР (позднее СССР), и делегацией Эстонской православной церкви, возглавляемой Александром Паулусом 7 июля 1923 г. патриарх Мелетий вручил главе эстонской делегации томос, которым утверждался новый статус Эстонской православной церкви, преобразованной в автономный церковный округ в составе Константинопольского патриархата под названием «Эстонская Православная Митрополия». Правящему Таллинскому епископу присваивался титул Митрополита Таллинского и всей Эстонии. Неканонический переход Эстонской церкви в юрисдикцию Константинопольского патриархата, совершившийся в то время, когда патриарх Тихон находился под арестом (9 мая 1922 г. – 25 июня 1923 г.), не был признан священноначалием Русской церкви. В июле 1926 г. Эстонская православная церковь стала официально именоваться Эстонской Апостольской Православной Церковью (ЭАПЦ). В её состав в годы возглавления её Александром Паулусом входило 147 приходов, из которых 30 были русскими или смешанными. Общее количество православных в Эстонии достигало 210 тыс. (130 тыс. эстонцев и 80 тыс. русских). В 1924 г. Александр Паулус содействовал образованию в её составе Нарвской епархии, состоявшей исключительно из русских приходов. К управлению этой епархией он привлёк проживавшего в Эстонии бывшего Псковского и Порховского архиепископа Евсевия (Гроздова), принявшего титул архиепископа Нарвского и Изборского.