Должности пасторов могут занимать женщины, не существует никаких препятствий, мешающих становиться пасторами женатым людям. В протестантизме сравнительно меньшее значение имеют таинства; их только два (те, которые упомянуты в Евангелии) – крещение и евхаристия; остальные в качестве таинств не признаются. При этом таинства в протестантском понимании являются не конституирующей основой церкви, а скорее знаками обретения человеком веры (в лютеранстве) или его принадлежности к завету с Богом (в кальвинизме). Но по ряду вопросов среди протестантов изначально возникли разногласия, такие как споры о характере присутствия Христа в евхаристии. Хотя все протестанты отвергают католическую идею пресуществления и понимание литургии как повторения Христовой жертвы, среди них сложились различные представления о смысле причастия: как действительного присутствия Христа в элементах таинства (лютеранство), как приобщения ему через невидимое действие Святого Духа (кальвинизм) или в чисто символическом понимании, как воспоминания о смерти и воскресении Христа (это учение, возникшее у швейцарского реформатора Ульриха Цвингли (1484–1531 гг.), было принято частью реформатов, а также баптистами и более поздними конфессиями). Основным в любом протестантском богослужении является не литургическое действие, а проповедь, хотя целый ряд направлений сохранили и чётко определённый ход богослужения. Протестантизм придаёт также (в силу особого внимания к индивидуальному благочестию) повышенное значение домашнему богослужению, чтению Библии и поклонению в семейном кругу. Поэтому в современном протестантизме существует форма так называемых домашних групп, проводимых регулярно, что обеспечивает каждому верующему свободу вероисповедания. Мартин Лютер писал в книге «Свобода христианина» (1520 г.): «Христианин является совершенно свободным господином всего сущего и не подвластен никому. Христианин является покорнейшим слугой всего сущего и подвластен всем». Этот кажущийся парадокс разрешается, если принять во внимание понятие «частный человек». Человек свободен от рабства, наложенного на него неспособностью заслужить спасение иначе как добрыми делами; значения не имеют на самом деле ни священнодействия, ни добрые дела, одна только вера. В то же время воля человека всё время порабощена, он поступает или своевольно, т.е. потакая собственным желаниям, или исполняет волю Бога. Именно благодаря соединению свободы и веры человек может заслужить спасение. Жан Кальвин полагал, что избранные могут знать о своей избранности, знаками которой является обладание верой и способность творить добро (несмотря на это, его учение глубоко пессимистично, поскольку утверждает, что сам человек не может достичь ничего без помощи Бога). Другой круг разногласий сложился среди протестантов по вопросам о церковном руководстве, в решении которых довольно быстро (к 1560 гг.) обозначились два подхода: первый, более консервативный и воспринятый лютеранством и англиканством, допускал церковные традиции, не противоречащие Библии, в том числе епископат, а второй считал возможными лишь те церковные установления, которые прямо и непосредственно предписываются Священным Писанием. В классическом виде этот взгляд сформировал шотландский религиозный реформатор Джон Нокс (около 1510 – 1572 гг.), а также ранние шотландские кальвинисты, воспринявшие от швейцарской Реформации её модель управления, близкую к позднейшему пресвитерианству. К концу XVI в. в протестантизме в целом сформировались три основные формы церковной организации: епископальная (англиканство, частично лютеранство), пресвитерианская (кальвинизм и церкви, на которые он оказал влияние) и общинная или конгрегационалистская (часть кальвинистов, затем баптисты). Иначе говоря, некоторые элементы разграничения духовенства и мирян (ординация) в лютеранстве, англиканстве и классическом кальвинизме сохраняются, тогда как в последующих вариантах протестантизма эта разница практически исчезает, и таинства совершаются любым верующим. Изменение внутрицерковного статуса духовенства привело и к существенным изменениям в отношениях церкви и государства, которые были различными в разных вариантах протестантизма.