Меннонитские общины в 1610 гг. попали под влияние арминианства и вступили в конфронтацию с наиболее распространёнными в Голландии реформатами, продолжавшуюся до легализации меннонизма в конце XVIII в. Исследователи относят ко «второй волне» в лютеранстве пиетизм – не оформившееся в конфессию мистическое течение, стремившееся углубить религиозный опыт верующих и создать практическое богословие и аскетику. В противоположность ортодоксальному лютеранству основатель пиетизма немецкий теолог Филипп Якоб Шпенер (1635–1705 гг.) подчёркивал необходимость для верующего личного переживания Бога, ставя религиозное чувство выше догматики и обрядности. Его учениками были Август Герман Франке (1663–1727 гг.) и Николай Людвиг Цинцендорф (1700–1760 гг.); Цинцендорф даже возродил движение Богемских братьев, куда вошли протестанты Чехии. В целом моральный пафос пиетизма оказал влияние на немецкую классическую философию (И. Кант, Ф. Шлейермахер). Близким по характеру к пиетизму был возникший в англиканстве методизм, первоначально стремившийся к обновлению общинной жизни и проповеди, но впоследствии оформившийся в конфессию. Как и баптизм, методизм изначально не был догматически единым: из его основателей братья Джон (1703–1791 гг.) и Чарльз Уэсли (1707–1788 гг.) придерживались арминианских взглядов, а Джордж Уайтфилд (1714–1779 гг.) – кальвинистских, однако методисты-кальвинисты впоследствии везде, кроме Уэльса, слились с пресвитерианами. Дальнейшим развитием методизма явились в XIX в. ривайвелизм, Армия спасения с её специфической организацией и Движение святости в Великобритании и США (Ч. Финни, Р.А. Торрей, Э. Мюррей, Э. Тозер и др.), в значительной мере подготовившие возникновение в начале XX в. пятидесятничества и других движений «третьей волны». Значительный резонанс в англоязычном протестантизме XIX в. получило также возглавленное Джоном Нельсом Дарби (1800–1882 гг.) британское движение Плимутских братьев, выработавшее своеобразную эсхатологию Тысячелетнего Царства Христа на земле (диспенсационализм, или премиллеонаризм) и оказавшее влияние на поздний баптизм и пятидесятничество. К середине XIX в. после утраты пиетизмом своих позиций и предпринятой государством в Пруссии попытки объединения лютеранских и реформатских церквей (1817 г.), надолго ослабившей духовную жизнь в стране, центр развития протестантизма окончательно смещается в англоязычный мир. В этот период как в Европе, так и в Америке развиваются секулярные версии протестантизма (культурпротестантизм в Германии, социальный евангелизм в США), а также либеральная протестантская теология. Промежуточное положение между «второй» и «третьей волнами» протестантизма занимает возникший в 1840 гг. в США адвентизм – конфессия, поставившая соблюдение субботы условием принадлежности к истинной церкви и тем самым значительно отошедшая от общепротестантских установок. Типологически движения «третьей волны» объединяет мистическая концепция восстановления духовных даров первоначальной церкви, утраченных на определённом этапе истории. Началом собственно «третьей волны» исследователи считают классических пятидесятников (хотя некоторые современные направления пятидесятничества относятся уже к неопротестантизму). В качестве своих предшественников пятидесятники рассматривают как основоположников Реформации, так и пиетизм, Движение святости, Плимутских братьев, а также англоязычный евангелизм XVIII–XIX в., особенно учение и практику шотландского проповедника Эдварда Ирвинга (1792–1834 гг.). Особое значение в становлении пятидесятничества сыграл, однако, методизм с его специфическими формами благочестия; именно выходцами из него были общины в г. Топика (Канзас) Чарльз Фокс Пархем (1873–1929 гг.), Агнесс Озман и Уильям Сеймур, чей духовный опыт (1901 г.) считается источником обширного движения, которое рассматривало себя как восстановление апостольского опыта Пятидесятницы. Как и баптисты, пятидесятники негативно оценивают огосударствление религии и средневековый период в истории церкви и, отмечая это, противопоставляют личный духовный опыт характерному для средневекового христианства сакраментально-церковному опыту. Пятидесятники, кроме антитринитарных групп, догматически и по устройству общин не отличаются от баптистов-арминиан, фундаментальным же является их отличие в сфере духовного опыта.