Единым для всех протестантов осталось признание Священного Писания единственным авторитетом для церкви, не связанным церковным или папским преданием и учительством, хотя и роль Священного Предания полностью ими не отрицается (практически каждая протестантская конфессия имеет свой набор символических книг). Но уже в течение XVII в. наряду с классическим протестантизмом формируется ряд течений, пытающихся его реформировать (их принято называть «второй волной» протестантизма). Её подготовили анабаптисты (получившие название от практики крещения только взрослых) и группы протестантских течений XVI в., принадлежащих к так называемой радикальной Реформации (М. Хоффманн, Г. Денк и др.). Для «второй волны» протестантизма принципиальное значение имеет идея о том, что церковь должна состоять из сознательно обращённых и верующих людей. Моменты личного и сознательного обращения, характерные для всей «второй волны», стали восприниматься значительной частью верующих как более последовательный или подлинный, не искажённый протестантизм. Первым движением собственно «второй волны» протестантизма исследователи считают арминиан (или ремонстрантов) – сторонников богословия голландца Якоба Арминия (1560–1609 гг.), отошедшего от ортодоксального кальвинизма. Он и его последователи находили теологию Жана Кальвина чересчур жёсткой, далёкой от духа Благой вести, возвещённой в Евангелиях. Тезис Арминия сводил предопределение к всеведению Бога, который наперёд знает, кто в вере стоек, а кто – неверующий (Арминий был осуждён Дордрехтским синодом 1618–1619 гг.). Арминиане оказали влияние, прежде всего, на появившихся в XVII – начале XVIII вв. баптизм и методизм. Соединив в себе выходцев из анабаптизма и английского сепаратизма, баптизм в вероучительном отношении изначально не был единым, разделившись на баптистов-кальвинистов (так называемые частные баптисты – Particular Baptists, их взгляды отражены в «Баптистском исповедании веры», 1689 г.) и сторонников арминианских взглядов. Основателем последнего направления баптизма, изначально находившихся под влиянием меннонитов, считается английский диссидент Джон Смит (1580–1631 гг.), а фактическим организатором – Т. Хэлвис (1575–1616 гг.). В дальнейшем в США и Великобритании эта группа получила название «общих баптистов» (General Baptists), или «баптистов свободной воли». Тем не менее, зародившись среди раннеанглийских диссидентов, баптизм целиком воспринял из кальвинистской среды её акцент на святость Бога, а соответственно и всю строгую систему нравственного совершенствования человека (обычно называемую мирской аскезой, самой яркой иллюстрацией которой явилось «Путешествие пилигрима» и другие книги баптиста Джона Баньяна). Но в отличие от ортодоксальных кальвинистов баптисты отрицали действительность крещения детей, поскольку утверждали вслед за анабаптистами необходимость вступления в церковь по сознательной вере. Иначе говоря,  для всех баптистов принципиальное значение имеет идея, что церковь должна состоять из сознательно обращённых и верующих людей, поэтому не может охватывать всех людей и быть государственным институтом, что не характерно для большинства классических протестантов, кроме конгрегационализма. Баптисты также отвергали идею теократии и выступали за полное отделение церкви от государства, поэтому они изначально рассматривали себя как восстановленную единственно истинную церковь, существующую перед концом мира в антихристианском окружении и призванную встретить Христа. Это убеждение баптистов было негативно воспринято и во многих случаях привело к насилию над ними (гонения лютеран на анабаптистов в XVI в. и англикан на баптистов в XVII в.). Баптисты сделали акцент также на личном покаянии, обращении и духовном возрождении, которое является условием спасения человека и должно быть пережито каждым верующим. Другим течением «второй волны», выросшим из анабаптизма и оформившимся в конфессию, является меннонитство (в лютеранстве ко «второй волне» исследователи относят также пиетизм, а в англиканстве – методизм). Основателем движения стал западногерманский бывший католический священник голландец Менно Сименс (около 1496 – 1561 гг.), который под впечатлением от социального движения в Мюнстере отверг политизированно-утопический характер анабаптистской проповеди, а затем создал собственное вероучение и организацию с тем же, что и у позднейших баптистов, акцентом на личную веру и сознательное крещение, но без кальвинистских мотивов.