В дополнение ко всему Платон был 18 ноября 1775 г. назначен и протектором Московской духовной академии, где когда-то учился. И здесь требовались перемены: в преподавании царила схоластика, привнесенная из Киево-Могилянской академии, круг преподаваемых дисциплин был ограничен сугубо профессиональными дисциплинами. Но это было высшее, прежде всего, духовное заведение, и в его выпускниках хотели видеть надежду православной церкви. Академия таким требованиям явно не отвечала. В Москве Платону пригодился опыт, приобретенный прежде. Несмотря на сопротивление, был уничтожен класс так называемых «крестцовых» (безместных) попов, закрыты домовые церкви, надзор за которыми был затруднителен, существенно обновлен состав московского духовенства, улучшено его материальное положение, большое внимание уделено убранству храмов. Первостепенное значение придавалось повышению престижа духовных лиц, их благопристойности. Этому способствовала «Инструкция благочинным»: именно благочинные имели возможность осуществлять повседневный надзор за рядовым духовенством и прихожанами, за благопристойным исполнением чина церковной службы. Платон улучшил во всех отношениях нравственный и материальный быт всего духовенства епархии, а также Московскую академию и семинарию. Получив полномочия единолично решать здесь все вопросы, он решительно обновил состав преподавателей, изгоняя схоластику и начетничество. Теперь приоритет отдавался не киевлянам, а воспитанникам местных духовных заведений. Прежде в изучении языков преобладала латынь, теперь упор делался на греческий язык, впервые стал преподаваться французский. В этом заключался глубокий смысл: шире открывался мир великой эллинской философии, византийского православного богословия. Французский же язык был языком тогдашней европейской культуры. Вводились и новые предметы, и среди них – русская церковная история, специально для этого написанная самим Платоном. На старших курсах было введено преподавание медицины, учащиеся направлялись в Московский университет, где дополнительно слушались лекции по физике, которые читал знаменитый профессор Страхов. Лучших для продолжения образования посылали в чужие края. В их числе был и посланный в Геттингентский университет брат Платона Александр, ставший потом протопресвитером Успенского собора в Кремле. Поощрялась научная работа: лучшие сочинения питомцев печатались. По указаниям Платона в Троице-Сергиевой лавре многое было сделано для ее дальнейшего украшения. При нем появились новые архитектурные сооружения. Сегодняшние Патриаршие покои долгое время назывались «митрополичьими», поскольку были построены при Платоне. В них сохранилось много его вещей. Платон увеличил число учеников академии с 300 до 1000, устроил для беднейших воспитанников бурсу, увеличил материальные средства, сам выбирал для нее учителей, написал для них свое наставление, обязал представлять ему ежемесячный отчет о ходе занятий и достиг того, что Московская академия перестала нуждаться в привозных учителях из Киева. Было уделено повышенное внимание изучению греческого языка, русскому языку предоставлено первенствующее значение, и сам Платон даже написал первый опыт богословия на русском языке. Не обращаясь к каким-либо внешним, формальным преобразованиям, он совершенно перереформировал академию, положительно обновил ее, возродил. Столь же много сделал он и для Троицкой семинарии и низших духовных училищ Московской епархии: устроил Перервинское духовное училище при монастыре в Перерве, открыл училища в Калуге, Звенигороде и Дмитрове, семинарию в Вифании. Пожертвовав в 1789 г. особый капитал в Опекунский Совет, он потребовал, чтобы на проценты с него содержалось в академии, семинарии и духовном училище Московской епархии по пять воспитанников, отличившихся успехами и давших обещание не выходить из духовного звания (эти воспитанники после окончания учения к своей фамилии обычно принимали вторую – «Платонов»).