3 июня 1971 г. в Богоявленском соборе состоялась интронизация избранного Поместным собором Патриарха Московского и всея Руси Пимена. Его патриаршество пришлось на годы «застоя», которым предшествовало правление Н.С. Хрущева. Отношение советской власти к церкви в период «оттепели» характеризуется сдержанным, но неослабевающим давлением. В течение 1960-х гг. были закрыты 43,6% церквей. К 1970 г. прекратили свою деятельность 32 православных монастыря, т.е. 2/3 всех монастырей СССР, в том числе Киево-Печерская лавра. Количество учащихся в духовных учебных заведениях за то же десятилетие сократилось примерно на 1/3. В 1970-х гг. давление на Русскую православную церковь было ослаблено; с 1972 г. начинается открытие храмов. Вместе с тем до 1985 г. наблюдается неизменное снижение количества зарегистрированных религиозных организаций в СССР, прежде всего православных. Сотрудничество Пимена с советской властью было направлено на сохранение политики терпимости. Патриарх участвовал в миротворческих мероприятиях советской внешней политики, согласовывал с Центром вопросы администрирования. Одной из важнейших сторон деятельности Пимена, начатой с первых же дней патриаршества, было укрепление отношений между православными церквами разных стран. Русская православная церковь принимала участие в экуменическом диалоге, однако Пимен всегда непреклонно придерживался сохранения традиции в вопросах веры. В конце своего 20-летнего патриаршества Пимен застал период перестройки и либерализации советского общества, с которыми связывались надежды на возрождение православной духовности в России. В июне 1988 г. патриарх возглавил беспрецедентно широкие торжества, посвященные 1000-летию Крещения Руси, и Поместный собор Русской православной церкви. В своем заключительном слове на торжественном акте, посвященном юбилею, Пимен отметил, что изменения, происходящие в нашей стране, оказали положительное влияние на жизнь Русской православной церкви. Стало возможным более активное участие религиозных деятелей в жизни общества, и поэтому неслучайно, что в 1989 г. патриарх был избран народным депутатом. На Поместном соборе был принят новый Устав Русской православной церкви. Патриарх Пимен участвовал в праздновании 400-летия установления патриаршества на Руси, посетив осенью 1989 г. Успенский собор Московского Кремля и совершив панихиду у гробниц Российских патриархов и молебен новопрославленным святым: святителям Иову и Тихону. Теперь, после длительного перерыва, верующие могли открыто совершить молитву в главном соборе Русской церкви и приложиться к мощам святителей. 3 мая 1990 г. патриарх скончался в резиденции в Чистом переулке и был похоронен в крипте Успенского собора Свято-Троицкой Сергиевой лавры. В церковной среде известно Завещание патриарха Пимена, в котором он призывает верующих сохранять юлианский календарь и не участвовать в экуменическом «Восьмом Вселенском соборе».