Киприан благоразумно бежал из Константинополя и при посвящении Пимена был только из снисхождения оставлен митрополитом «Малой Руси и Литвы». Киев номинально отдавался Пимену, т.к., по словам соборного акта, «невозможно быть архиереем Великой Руси, не получив сначала наименования по Киеву, который есть соборная церковь и главный город всей Руси». Князь Дмитрий Иванович долго не знал, что делается в Константинополе, вероятно, потому, что все сношения с ним прекратил из-за приближения полчищ Мамая и усиленных приготовлений к Куликовской битве (8 сентября 1379 г.). Сам Пимен после посвящения не осмелился немедленно возвратиться из Царьграда, желая предварительно выяснить отношение к его делу великого князя, который, как и следовало ожидать, узнав о проделке своих послов, разгневался и не хотел ни принимать, ни даже видеть  Пимена. Он вспомнил про отверженного им когда-то Киприана и, подавив в себе прежнюю нелюбовь к нему, пригласил его в Москву на митрополию всея Руси. Киприан с готовностью отозвался на столь лестное и неожиданное для него приглашение, так совпадавшее с его личными надеждами, тем более что он не оправдал ожиданий литовских князей, стараниями которых был в свое время поставлен. 23 мая 1381 г. в праздник Вознесения он торжественно въехал в Москву, а спустя семь месяцев прошел слух, что к Москве приближается митрополит Пимен. Великий князь послал схватить его и отправить в заточение в Чухлому (Костромской губернии), а сопровождавших его послов наказал: «У одних конфисковал имения, других сослал в ссылку, иных посадил в тюрьму и подверг телесному наказанию, а некоторых предал и смертной казни». Виновник поставления Пимена – патриарх Нил Керамевс (1379–1388 гг.) – после этого начал громить московского князя своими посланиями, в которых доказывались незаконность прав Киприана и законность прав Пимена. Эти послания, по-видимому, сделали свое дело, и в 1382 г. князь Дмитрий Иванович Донской, придравшись к тому, что митрополит Киприан во время нашествия на Москву в августе 1382 г. хана Тохтамыша не усидел в оставленной самим князем столице, а бежал из нее в Тверь, отослал от себя Киприана и вызвал из заточения Пимена. Но это странное примирение продолжалось недолго. В начале 1383 г. из Константинополя прибыл Дионисий Суздальский и, как человек, сам стремившийся к занятию митрополии, воспользовался случаем представить Дмитрию Ивановичу детально все темные подробности поставления Пимена, чем снова вооружил его против митрополита. В 1384 г. великий князь отправил к патриарху Дионисия и Симоновского архимандрита Феодора с подробным и документальным изложением незаконно учиненного посвящения Пимена в митрополиты. Он требовал лишить Пимена сана и возвести на его место Дионисия. Доказательств подложной вставки имени Пимена в просьбу о поставлении митрополита патриарх теперь уже не мог отрицать. Поэтому он представил себя введенным в обман невольно и постановил низложить Пимена, если обвинения против него окажутся справедливыми. Для расследования дела на месте патриарх отправил в Москву двух митрополитов с чиновниками, которые, в случае действительной вины Пимена, имели право поставить митрополитом Дионисия. Этой условностью решения и особым посольством патриарх делал последнюю попытку отстоять Пимена и примирить с ним князя.