Но черногорцы встали на защиту своего архиерея и, собравшись в Цетине 1 мая 1804 г. на Скупщину, написали письмо русскому царю, в котором отвергли несправедливые обвинения против Петра и просили царя прислать другого посланника, русского происхождения, чтобы он мог беспристрастно во всем разобраться. Новый русский посланник в Боке, Маузерский, убедился в ложности обвинений против святителя. 16 августа 1804 г. митрополит Петр и черногорские старейшины поклялись на верность России. Добрые отношения между двумя странами были восстановлены, что было важно перед надвигающейся опасностью со стороны наполеоновской Франции. В 1805 г. Австрия уступила Франции по Пресбургскому договору Боку Которску. Жители Боки, не согласившись на французскую оккупацию, послали за помощью к митрополиту Петру в Цетин и русскому адмиралу Д.Н. Сенявину на остров Корфу. В феврале 1806 г. русские корабли и черногорские отряды заняли Будву и города Боки. В Саввином монастыре в городе Герцег-Новом Петр в присутствии русского посла Степана Санковского, генерала графа Ивелича и командира отряда русских судов освятил новые флаги бокезских городов. Весной 1806 г. Сенявин с моря, а святитель Петр с суши заперли французов в Дубровнике. 25 мая и 5 июня русские и черногорцы одержали победы над наполеоновскими войсками у этого города. В сентябре 1806 г. соединенные отряды русских (под командованием генерала Попандопуло) и черногорцев (под предводительством владыки) разбили маршала Мармона, которому помогал боснийский визирь. Был взят в плен французский генерал Бове. 26–27 ноября 1806 г. адмирал Сенявин захватил остров Корчуду. В этом сражении особо отличился брат митрополита Савва, награжденный русским орденом святого Георгия 4-й степени. Самому святителю император Александр I пожаловал белый клобук с алмазным крестом. Совместные успехи русского и черногорского оружия позволяли осуществить давнюю мечту Петра о создании под протекторатом России Славяно-Сербского государства с центром в Дубровнике. По проекту святителя главой восстановленного царства должен был быть именно русский царь. Митрополит Пётр, некогда изгнанный из России по ложному обвинению, теперь сознательно отрекался от своей светской власти в пользу России. С этим предложением он обратился в 1806 г. к русскому царю. Но Россия не приняла этого предложения – поражение русских войск под Фридландом 2 июня 1807 г. привело к Тильзитскому миру, по которому Александр I уступил Боку Которску Наполеону. Черногорцы остались один на один в борьбе с французами. В 1808 г. маршал Мармон отнял духовную власть над православными Боки у святителя и передал ее своему ставленнику Венедикту (Кралевичу). В августе 1808 г. 10 тыс. французов под командованием генерала Клоузера предприняли экспедицию в горы, но были разбиты черногорцами. В 1812 г. черногорцы одержали победу при Скадаре над союзниками французов – турками, а в сентябре–октябре 1813 г. Петр I с помощью английского флота овладел всей Бокой. 27 декабря 1813 г. генерал Готье сдал последний оплот французов – Котор. На скупщине в бокезском селении Доброта было принято решение о присоединении Приморья к Черногории. В 1814 г.святитель обратился к Александру I принять соединенные Черногорию и Ьоку под покровительство России, но император просил черногорцев оставить Боку, перешедшую к Австрии по решению Венского конгресса. Святитель, скрепя сердце, подчинился воле царя. 1 мая 1915 г. черногорцы покинули Котор, лишившись с таким трудом завоеванного выхода к морю. Вскоре для Черногории настали тяжелые времена. Австрийцы часто закрывали для черногорцев доступ в Котор, через который шло снабжение продовольствием, а русский царь Александр I не выдавал установленную его отцом ежегодную субсидию. Население постоянно увеличивалось за счет бежавших из Герцеговины от турецких притеснений православных семейств.