А Сильвестр Коссов, написавший эту защиту, издал ее в 1635 г. под заглавием «Экзегисис». В том же 1635 г. митрополит Иосиф Рутской все-таки, боясь развития православной школы, вырвал у короля Владислава IV незаслуженно обидный указ, который тяготел над Киевской школой до конца XVII в. Хлопоты о переименовании школы в академию были долго неудачными, но она была вполне устроена и обеспечена. Преподавательский персонал был при Петре Могиле на высоте своего призвания; профессора, прежде чем приступать к преподаванию, посылались для учебы за границу. И хотя, в конце концов, школа была переименована в Академию, открыто преподавать богословие ей было запрещено. Приходилось маскировать: по тексту Священного Писания Ветхого и Нового Завета и по творениям св. отцов. Много огорчений доставлял Петре Могиле киевский воевода, ярый католик Ян Тышкевич, всеми мерами преследовавший студентов школы, очень часто совершенно несправедливо. Во избежание излишних препятствий к развитию школы, Петр Могила отложил в сторону свои амбиции и согласился новую школу, открытую им в 1631 г., соединить со старой и поместить ее на традиционном месте в Братском Богоявленском монастыре. Так с 1632 г. начала свое непрерывное существование будущая Киевская Духовная академия, открытая вначале под названием «Коллегия». Устойчивость и рост школы Петр Могила считал нужным обеспечить и с материальной стороны. Он обратил на ее содержание некоторые лаврские земельные имущества, собирал и специальные пожертвования, положил начало библиотеке. Первым ректором коллегии он назначил Исаию Трофимовича Козловского и префектом Сильвестра Коссова. По иезуитскому образцу школа была разделена на три яруса: низший, средний и высший, с принятыми у иезуитов наименованиями предметов. Учебный курс был рассчитан всего на 11 лет, учебные авторитеты были западные: Петр Ломбард и Фома Аквинат. Греческий язык преподавался слабо, все силы уходили на полное усвоение латыни. В моде были философские и богословские диспуты на латинском языке, домашние и публичные. Школьному начальству помогали и ученики, большей частью старшие над младшими, со специальными поручениями и латинскими титулами: визитаторы, посещавшие учеников, живших за стенами школы в семьях и в городе; сеньоры и директоры в бурсе; цензоры в церкви; аудиторы, репетировавшие слабейших. Этот стиль латинских школ крепко въелся во все перенесенные затем в московскую и петербургскую Россию уставы сословных духовных школ и, постепенно ослабевая, продержался до середины XIX в. Сам Петр Могила, по духу своего воспитания западник чистой воды, считавший латинскую богословскую науку последним достижением, без которого православие обречено на безнадежную отсталость, не мог не желать, путем хорошей школы, дойти до безболезненного, свободного примирения, а, может быть, и соединения церквей. Но, как лицо ответственное и официальное, он был очень острожен и не желал повторять коренной ошибки – введения унии насилием. Та же школьная отсталость огорчала Петра Могилу и на греческом Востоке. В глазах митрополита-западника нужно было не заглядываться на греков, а обогнать их на поприще школы и богословской науки. Самим же русским спешить школьно копировать и догонять Запад. Характерна дружба Мелетия (Смотрицкого) с Петром Могилой в бытность его Печерским архимандритом. Чувствительный Мелетий уже тогда болел сомнениями: правы ли греки и не оправдана ли уния? И решил единолично на свой страх успокоить совесть в унии. Соборное осуждение его не замедлило состояться (в 1628 г.) еще до избрания Петра Могилы на митрополию. А Петр Могила явно был обеспокоен той атмосферой соблазна, которая повисла над греческим Востоком из-за вскрывшегося (в 1633 г.) факта искреннего принятия выдающимся по учености греческим богословом, пять раз занимавшим кафедру вселенского патриарха, Кириллом I Лукарисом кальвинистической формулы «оправдания человека одной верой».