В атмосфере таких настроений и слухов умирает политический творец унии, антирусский король Сигизмунд III (1632 г.). На конвокационном сейме, выбирающем нового короля, для православной среды депутатов было делом очевидным получить легализацию православной иерархии и церкви путем отказа от не признаваемой вот уже 13 лет (с 1619 г.) иерархии Феофанова поставления. Петр Могила выхлопотал признание легального существования православной церкви наряду с униатской. А для этого надо было начать с возведения на Киевскую митрополию «своего» для трона человека – архимандрита Петра Могилу. Быстро последовало утверждение кандидатуры и со стороны нового короля Владислава IV (1632–1648 гг.), и со стороны Константинопольского патриарха Кирилла I Лукариса. Предстояла чувствительная операция – заставить старого Киевского митрополита Исайю Копинского сдаться и уйти на покой. Исаия не хотел сдаваться добровольно и слагать с себя звание и должность митрополита. Однако он все же был признан лишенным сана, фактически покорился (как аскет и не политический борец), удалившись в монастырский затвор до своей смерти в 1640 г., а на его место был выбран Петр Могила, с сохранением лаврского архимандритства. Новоназначенный митрополит, избегая остроты конфликта, не мог поехать для торжества митрополичьей хиротонии в Киев. Для хиротонии был избран Львов, куда, по-видимому, приглашались для этого земляки Петра Могилы, архиереи из Валахии. Спустя некоторое время новопоставленный митрополит прибыл в Киев, где и был торжественно встречен. Для ликвидации духа религиозной «войны» нужно было перевоспитать кадры православного духовенства. Петр Могила, во-первых, приступил к отобранию от униатов монастырей и церквей, в том числе Софийского собора и Выдубецкого монастыря. Старинную церковь св. Владимира Спаса на Берестове он восстановил и устроил, а также церковь трех Святителей, которую отдал братскому монастырю. В 1635 г. были отрыты и очищены от развалин остатки Десятинной церкви. Средства для упорядочения церквей и монастырей Петр Могила брал отовсюду: от лавры, из своего личного имущества, из пожертвований благочестивых людей, наконец, обращался за помощью и к московскому царю. Во-вторых, он уделил первостепенное внимание реформе создавшейся в Киеве православной богословской школы в Богоявленском Братском монастыре, называемую Киево-Могилянской. Желая радикальной переделки школьной системы, поднятия ее до уровня латинских школ, Петр Могила решил над средним этажом школы построить верхние, т.е. высшие классы богословия. Для всего этого нужно было стянуть в Киев ученых людей. Таков был, например, духовный писатель Иннокентий Гизель (около 1600–1683 гг.), работавший в Вильно (он еще в молодости убежал в Киев и здесь стал православным монахом). Вокруг Петра Могилы стали собираться и выдающиеся учителя разных братских школ: писатели и педагоги Исаия Трофимович Козловский (ум. в 1651 г.), Сильвестр Коссов (ум. в 1657 г.). Петр Могила хотел построить новую школу на новом основании у себя в Киево-Печерском монастыре, но традиционные киевские круги и духовенство во главе с митрополитом Исаией Капинским испугались его латинства и умоляли перенести все улучшения в Братскую школу и поднять ее. Но властный Петр Могила все-таки школу в 1631 г. открыл в Печерском монастыре. Старые киевские священники, обыватели и часть казачества заволновались. В воздухе запахло погромом. Говорят, что и иезуиты, боясь подъема школы, провокаторски поддерживали слухи об ее еретичестве. В 1634 г. вскрылось, что латиняне и униаты подозревали школу в протестантизме. Даже униатский митрополит Иосиф Рутский внушил это королю, который писал Могиле, чтобы такая школа и в Киеве, и в Виннице вместе с типографиями при них были закрыты. Но Петр Могила доказал правительству, что все это злостная клевета.