Возглавлявший ведомство по делам религии Е.А. Тучков предложил митрополиту Петру «легализацию» церкви при следующих условиях: 1) издание декларации, призывающей к лояльности по отношению к государству; 2) устранение от управления неугодных епископов; 3) осуждение заграничных епископов; 4) контакты с правительством через посредничество самого Тучкова. Патриарший местоблюститель отверг это предложение, и его участь была предрешена. 9 декабря 1925 г. Петр был арестован и помещен сначала во внутреннюю тюрьму при ГПУ, затем – в Бутырскую тюрьму, в смрадную камеру вместе с 30-ю уголовниками. Понимая неизбежность ареста, он заранее назначил себе преемника – Нижегородского митрополита Сергия (Страгородского). Лишенный возможности получать достоверную информацию, в том числе о деятельности Сергия, оказавшись в зависимости от интриг ОГПУ, а также домогавшегося власти архиепископа Григория (Янковского), Петр дважды меняет свое прежнее распоряжение относительно управления делами церкви: сначала передает его трем архиереям во главе с архиепископом Григорием (1 февраля 1926 г.), затем (22 мая 1926 г.) – митрополиту Агафангелу (Преображенскому). Позднее, уже располагая достаточной информацией, он дает оценку действиям архиепископа Григория, подтверждает справедливость мер, принятых в отношении него Сергием, принимает к сведению отказ Агафангела от претензий на местоблюстительство. После неоднократных отказов добровольно сложить с себя полномочия местоблюстителя Петр 5 ноября 1926 г. был приговорен к трем годам ссылки. В декабре его этапировали через пересыльные тюрьмы в Тобольск. Из Тобольской тюрьмы, куда Петр прибыл в феврале 1927 г., в конце того же месяца он был направлен в Абалакский Знаменский монастырь на Иртыше, превращенный в концентрационный лагерь. Но и устраненный от дел, митрополит Петр оставался для властей «опасным элементом». Не раз Тучков предлагал ему отречься от местоблюстительства, мотивируя это необходимостью для блага церкви. Но тот понимал, что его отречение затронет и права его заместителя, митрополита Сергия, и не соглашался. Тогда власти решили «убрать» исповедника подальше, и он, пройдя по этапу, летом 1927 г. оказался за Полярным кругом, в поселке Хэ Обдорского района. В конце 1928 г. срок ссылки продлили еще на два года. Ознакомившись с Декларацией митрополита Сергия, митрополит Петр послал ему письмо, в котором отзывался о поступках своего заместителя не совсем одобрительно, но и не выступал против его управления церковью. К концу 1930 г. истекал и второй срок, но тут святителю выдвинули обвинение в антисоветской агитации и «накинули» еще пять лет. При этом снова предлагали отказаться от местоблюстительства, но снова получили отказ. Владыка не боялся за себя и давно свыкся с мыслью о смерти. Он мог бы передать свои полномочия митрополиту Сергию, но не хотел этого делать, поскольку не признавал новый церковный курс на сближение с гражданской властью. Снова пошли скитания по тюрьмам. Несколько раз святитель просил о помиловании, указывая на состояние своего здоровья и на лояльность к властям, но пощады ему не было. Окончание третьего срока застало святителя в Верхнеуральской тюрьме в одиночной камере. И опять ему добавили три года. Исповеднику было в то время уже 74 года, так что новый срок можно было считать пожизненным. О его мнимой смерти сообщили митрополиту Сергию, которому затем был присвоен титул местоблюстителя. Между тем митрополит Петр прожил еще больше года. Он был расстрелян по приговору тройки НКВД по Челябинской области 10 октября 1937 г. Петр однажды напомнил помощнику начальника тюрьмы, что он является Патриаршим местоблюстителем и что страдает невинно, что и послужило основанием для рапорта о том, что он обвиняет советскую власть в гонениях на церковь. Рассмотрев рапорт, тройка НКВД Челябинской области приговорила митрополита Петра к расстрелу. Место захоронения осталось неизвестным. Митрополит Петр канонизирован в 2000 г. Архиерейским собором Русской православной церкви.