В феврале 1720 г. «Регламент» был зачитан в Сенате и подписан царем. Год был дан для приобщения к этому документу всей иерархии. Для сбора подписей иерархов всех концов России был назначен светский агент власти, подполковник Семен Давыдов. Ради приличия, к нему был приставлен Златоустовский архимандрит Антоний. В царском указе по этому поводу не без грубости выражалось пожелание иметь только покорную подпись без рассуждений. Подписи, конечно, были даны. Так, без всякого церковного соборования, хотя бы только обрядового и церемониального, волеизъявление светского монарха, под привычной видимостью воли православного царя в православном государстве, было дано предписание церкви. Не каким-либо соборным, церковным, хоты бы только показным актом, а в обычном, чисто государственном порядке законодательным манифестом императора за подписью Сената была произведена отмена старого традиционно-канонического строя управления церковью и введено новое, необычное для церкви, но уже обычное и общепринятое в государстве, коллегиальное управление. Вместо ожидаемого патриарха во главе церкви ставится рядовое среди других государственное установление даже с уродливым латинским наименованием «Коллегиум Духовное». В феврале 1721 г. последовало торжественное открытие Духовной коллегии, вскоре переименованной в Святейший Правительствующий Синод (новое название предложил сам Феофан). Первый Синод состоял из президента Стефана Яворского, двух вице-президентов (одним из которых был Феофан Прокопович, другим – Феодосий Яновский), четырех советников и четырех асессоров – представителей монашества и белого духовенства. Посредником между императором и Синодом назначался обер-прокурор. По делам, касавшимся церкви и государства, Синод должен был взаимодействовать с Сенатом. Деятельность Святейшего Правительствующего Синода проявлялась в учреждении духовных школ, в установлении единоверия, в воссоединении униатов и миссионерстве. В отличие от Реформации на Западе, при всей глобальности петровской церковной реформы, она не затронула самого православного вероучения. В 1723 г. Синод был утвержден восточными патриархами, которые признали за ним все патриаршие права и именовали его в грамотах «своим во Христе братом». Все члены Синода назначались императором и приносили ему верноподданническую присягу при вступлении в должность. После кончины Стефана Яворского должность президента была упразднена, и главным деятелем в Синоде сделался Феофан Прокопович (в 1720 г. он был поставлен архиепископом в Новгород), сохранивший это положение вплоть до своей смерти. Благодаря близости к императору он вскоре добился того, чего Стефан Яворский не смог сделать в течение 20 лет, – вернул церкви ее вотчины. Управление церковным имуществом вновь перешло от Монастырского приказа в руки Синода. Но вместе с тем в соответствии с идеями «Духовного регламента» Прокопович постарался положить конец духовной и политической автономии церкви. Религия сделалась казенным делом, а исполнение религиозных обязанностей – гражданским долгом. Вера, которая прежде ценилась как путь к спасению, стала рассматриваться как проявление благонадежности. Синодальные указы Феофана предписывали посещать церковь и регулярно исповедоваться под угрозой штрафов, а исполнение церковных обязанностей стало отныне контролироваться и документироваться. В мае 1722 г. Синод принял указ, обязывающий священников нарушать тайну исповеди, в том случае, если открывались злонамеренные замыслы, таящие угрозу государству и обществу. Все это были меры, направленные к тому, чтобы обратить Россию в полицейское государство.