Мысль о введении Коллегии по делам религий у Петра возникла как бы случайно. В мае 1718 г. он вызвал Стефана Яворского из уютного московского жития в неустроенный, барачный Петербург. Промаявшись бездомно целое лето и осень, Стефан подал царю старчески малодушную, плаксивую просьбу отпустить его в Москву, докучая рядом вопросов: как тут жить, как управлять отсюда епархиями, как замещать пустующие кафедры? Эти вопросы были свидетельством административной инертности и бесталанности Стефана. Петр в ответ взорвался и после ряда укоризненных замечаний как бы невзначай закончил следующим многозначительным заявлением: «А для лучшего впредь управления мнится быть Духовной Коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно». По-видимому, он тотчас же приказал Феофану писать мотивированный проект учреждения Духовной Коллегии, и Феофан в декабре 1718 г. уже писал его. По своему духу «Духовный регламент» был менее всего похож на законодательный акт. Феофан написал целую книгу, чтобы замысел царя был наилучшим образом мотивирован и защищен. Это не краткий устав нового учреждения, а только то, что было принято называть объяснительной запиской к будущему закону (в черновике рукопись не носит названия «регламента», а озаглавлена так: «Книга сия, Духовного Коллегиум описание и рассуждение содержащая…»). Скорее, это была публицистическая статья, объясняющая замыслы церковной реформы и подводящая под нее теоретическую базу, агитационное произведение, написанное в очень субъективном сатирическом, частью описательном стиле. Все законодательство Петра полно резонирования. Неудивительно, что в таком щекотливом деле, как церковная реформа. Петр даже прямо настроил Феофана на обширное резонирование, на документацию, из которой надо особо извлекать краткие законодательные тезисы. Ни Петр, ни Феофан, увлеченные трудной задачей убеждения церковных кругов, даже не заметили, что пускаемый ими в оборот под видом «Регламента» документ представляет собой некую формальную несуразность. Однако о гармонии и юридическом изяществе реформаторы ни капли не беспокоились. Согласно записи денщика Петра П.В. Нартова, как-то в 1719 г. царь был в Александро-Невской Лавре и спросил Феофана: «Скажи-ка, отче, скоро ли поспеет наш патриарх?» Феофан в том же шутливом тоне ответил: «Я дошиваю ему рясу». На это Петр весело добавил: «А у меня и шапка для него готова!» Исследователи склонны думать, что это не пустое балагурство, что Петр тут подразумевает ту шапку, под которую он посадит будущего «патриарха». Если Феофан готовил «патриарху» рясу, т.е. «Регламент» (по шаблону коллегий), то у Петра в его схеме все 12 коллегий были стройно и однообразно подчинены общему возглавителю – Сенату, заместителю в экстренных случаях самой персоны монарха. В частности, в «Регламенте» впервые была определена разграничительная линия между государством и церковью. Подразумевалось, что если в теократическом государстве конечной целью является приведение христианского народа в Царство Божие, и потому монарх является исполнителем этого идеала, то целью светского государства служит устроение жизни на земле, и государь, в качестве носителя этой цели, требует для себя всей полноты власти, включая церковную. «Регламент» состоял из трех частей. В первой из них Феофан откровенно объяснял причины замены патриаршества Духовной коллегией. Во второй части перечислялись дела, надлежащие ведению Духовной коллегии, а одной из наиглавнейших задач церкви объявлялась забота о народном просвещении. Третья часть определяла состав и порядок работы Духовной коллегии. Во главе ее должен стоять президент из митрополитов и два вице-президента из архимандритов. Другими членами коллегии были советник президента из архимандритов и четыре асессора из протопопов. Учреждалась также должность обер-прокурора из светских лиц.